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- PDB-6koc: X-ray Structure of the proton-pumping cytochrome aa3-600 menaquin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6koc
タイトルX-ray Structure of the proton-pumping cytochrome aa3-600 menaquinol oxidase from Bacillus subtilis complexed with 3-iodo-N-oxo-2-heptyl-4-hydroxyquinoline
要素
  • (AA3-600 quinol oxidase subunit ...) x 2
  • (Quinol oxidase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Menaquinol oxidase / Complex / Proton pumping / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / cytochrome o ubiquinol oxidase complex / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / respiratory chain complex / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transporter activity / electron transport coupled proton transport ...酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / cytochrome o ubiquinol oxidase complex / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / respiratory chain complex / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transporter activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / membrane raft / copper ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Quinol oxidase subunit II / Quinol oxidase subunit I / Quinol oxidase subunit III / Quinol oxidase subunit IV / : / Ubiquinol oxidase subunit III domain / Cytochrome C oxidase subunit IV, prokaryotes / Prokaryotic Cytochrome C oxidase subunit IV / Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II / Ubiquinol oxidase subunit 2, cupredoxin domain ...Quinol oxidase subunit II / Quinol oxidase subunit I / Quinol oxidase subunit III / Quinol oxidase subunit IV / : / Ubiquinol oxidase subunit III domain / Cytochrome C oxidase subunit IV, prokaryotes / Prokaryotic Cytochrome C oxidase subunit IV / Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II / Ubiquinol oxidase subunit 2, cupredoxin domain / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME-A / 2-heptyl-3-iodanyl-1-oxidanyl-quinolin-4-one / Quinol oxidase subunit 3 / Quinol oxidase subunit 1 / Quinol oxidase subunit 2 / Quinol oxidase subunit 1 / Quinol oxidase subunit 2 / Quinol oxidase subunit 3 / Quinol oxidase subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xu, J. / Ding, Z. / Liu, B. / Li, J. / Gennis, R.B. / Zhu, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of the cytochromeaa3-600 heme-copper menaquinol oxidase bound to inhibitor HQNO shows TM0 is part of the quinol binding site.
著者: Xu, J. / Ding, Z. / Liu, B. / Yi, S.M. / Li, J. / Zhang, Z. / Liu, Y. / Li, J. / Liu, L. / Zhou, A. / Gennis, R.B. / Zhu, J.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AA3-600 quinol oxidase subunit I
B: Quinol oxidase subunit 2
C: AA3-600 quinol oxidase subunit IIII
D: Quinol oxidase subunit 4,Quinol oxidase subunit 4
G: AA3-600 quinol oxidase subunit IIII
H: Quinol oxidase subunit 4,Quinol oxidase subunit 4
F: Quinol oxidase subunit 2
E: AA3-600 quinol oxidase subunit I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,29216
ポリマ－284,9838
非ポリマー4,3098
水00
1
A: AA3-600 quinol oxidase subunit I
B: Quinol oxidase subunit 2
C: AA3-600 quinol oxidase subunit IIII
D: Quinol oxidase subunit 4,Quinol oxidase subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6468
ポリマ－142,4924
非ポリマー2,1544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17160 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area45290 Å2
手法PISA
2
G: AA3-600 quinol oxidase subunit IIII
H: Quinol oxidase subunit 4,Quinol oxidase subunit 4
F: Quinol oxidase subunit 2
E: AA3-600 quinol oxidase subunit I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6468
ポリマ－142,4924
非ポリマー2,1544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17180 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area45000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.930, 162.200, 151.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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AA3-600 quinol oxidase subunit ... , 2種, 4分子 AECG

#1: タンパク質 AA3-600 quinol oxidase subunit I / Cytochrome aa3 quinol oxidase subunit I / Cytochrome aa3-600 quinol oxidase subunit I


分子量: 73892.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: qoxB, B4122_4931, B4417_2140, ETA10_20065, ETK61_21170, ETL41_11350, SC09_contig4orf01211
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X8D0, UniProt: P34956*PLUS
#3: タンパク質 AA3-600 quinol oxidase subunit IIII / cytochrome aa3-600 menaquinol oxidase / Cytochrome aa3-600 quinol oxidase subunit III / Quinol ...cytochrome aa3-600 menaquinol oxidase / Cytochrome aa3-600 quinol oxidase subunit III / Quinol oxidase subunit 3


分子量: 22689.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: B4122_4930, B4417_2139, ETA10_20060, ETK61_21165, ETL41_11345, SC09_contig4orf01209
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X6N5, UniProt: P34958*PLUS

-
Quinol oxidase subunit ... , 2種, 4分子 BFDH

#2: タンパク質 Quinol oxidase subunit 2 / cytochrome aa3-600 menaquinol oxidase


分子量: 33589.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: qoxA, ETA10_20070, ETK61_21175, ETL41_11355 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
参照: UniProt: A0A2I7T8S1, UniProt: P34957*PLUS, 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体
#4: タンパク質 Quinol oxidase subunit 4,Quinol oxidase subunit 4 / Quinol oxidase aa3-600 / subunit QoxD / Quinol oxidase polypeptide IV


分子量: 12319.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌), (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: qoxD, BSU38140, ipa-40d / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
参照: UniProt: P34959, 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体

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非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#6: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-IHQ / 2-heptyl-3-iodanyl-1-oxidanyl-quinolin-4-one


分子量: 385.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20INO2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Authors know the sequence of chain D/H, but they are not sure of the alignment for first 22 ...Authors know the sequence of chain D/H, but they are not sure of the alignment for first 22 residues in the coordinates. The residue numbers 0-21 in the coordinates may be meaningless. The correct sequence is ANKSAEHSHFPWKHIVGFILSIVLTLLALWVAVYTDLSSSAKLWII (UNP P34959)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M Calcium chloride, 0.1M Tris pH 6.3, 13% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→48.28 Å / Num. obs: 50255 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.878 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.8→3.92 Å / Rmerge(I) obs: 1.264 / Num. unique obs: 4597 / CC1/2: 0.382

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3235精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KOB

6kob


解像度: 3.8→48.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3691 2011 -
Rwork0.3254 --
obs-48159 98.3785 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17642 0 270 0 17912
LS精密化 シェル解像度: 3.8001→3.8951 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 --
Rwork0.3855 --
obs-3549 97.5 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.7077 Å / Origin y: 5.1896 Å / Origin z: -12.9278 Å
111213212223313233
T0.6774 Å20.1906 Å20.2448 Å2-0.1263 Å2-0.2241 Å2--0.361 Å2
L1.5186 °2-0.0248 °21.9109 °2-0.9274 °2-0.3283 °2--4.7051 °2
S-0.1224 Å °0.0308 Å °0.018 Å °0.2075 Å °-0.0772 Å °0.0082 Å °-0.3988 Å °-0.0533 Å °0.1531 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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