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- PDB-6jvp: Crystal structure of human MTH1 in complex with compound MI1024 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jvp
タイトルCrystal structure of human MTH1 in complex with compound MI1024
要素7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / MTH1 / Oxidative DNA damage / 8-oxo-dGTP / Inhibitor development
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJ9 / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Peng, C. / Li, Y.H. / Cheng, Y.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Inhibitor development of MTH1 via high-throughput screening with fragment based library and MTH1 substrate binding cavity.
著者: Peng, C. / Li, Y.H. / Yu, C.W. / Cheng, Z.H. / Liu, J.R. / Hsu, J.L. / Hsin, L.W. / Huang, C.T. / Juan, H.F. / Chern, J.W. / Cheng, Y.S.
履歴
登録2019年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4104
ポリマ－35,9432
非ポリマー4672
水2,720151
1
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2052
ポリマ－17,9711
非ポリマー2331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2052
ポリマ－17,9711
非ポリマー2331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.086, 68.891, 78.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...
21(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALASERSER(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 43 - 4
12LEULEULEULEU(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA6 - 136 - 13
13VALVALTHRTHR(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA18 - 4418 - 44
14ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
15ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
16ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
17ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
18ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
19ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
110ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...AA3 - 1563 - 156
21ALAALASERSER(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB3 - 43 - 4
22LEULEULEULEU(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB6 - 136 - 13
23VALVALVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB1818
24GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156
25GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156
26GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156
27GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156
28GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156
29GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156
210GLYGLYVALVAL(chain B and (resseq 3:4 or resseq 6:13 or resseq...BB2 - 1562 - 156

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要素

#1: タンパク質 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1


分子量: 17971.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CJ9 / N4-cyclopropyl-6-piperidin-1-yl-pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 233.313 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 % / Mosaicity: 0.231 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 3.75
詳細: 30% PEG 6000, 200 mM Lithium sulphate, 100 mM Sodium acetate pH 3.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月2日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 16543 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.2840.28216250.9230.1610.3261.05799.4
2.28-2.374.30.26116250.9210.1450.2991.06399.9
2.37-2.484.40.2216160.9450.120.2511.029100
2.48-2.614.50.18116320.9630.0980.2071.04899.9
2.61-2.774.50.15116540.9690.0820.1731.058100
2.77-2.994.50.12416490.9790.0670.1411.04100
2.99-3.294.40.10416520.980.0570.1191.03699.8
3.29-3.764.30.09316600.9830.0530.1071.02899.4
3.76-4.734.10.06916690.9910.0410.0811.0698.6
4.73-303.90.07717610.9870.0450.091.00398

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.206→27.816 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1622 10.03 %
Rwork0.1927 --
obs0.199 16173 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.07 Å2 / Biso mean: 30.6769 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.206→27.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 34 151 2661
Biso mean--20.01 34.78 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9943480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5161504
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1383X-RAY DIFFRACTION8.532TORSIONAL
12B1383X-RAY DIFFRACTION8.532TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2065-2.27140.27751210.20841084120589
2.2714-2.34460.33331300.20231171130196
2.3446-2.42840.30191330.20671163129696
2.4284-2.52560.28611340.19041195132997
2.5256-2.64040.26391320.18961206133898
2.6404-2.77950.27931360.21281221135798
2.7795-2.95350.29311360.20041214135099
2.9535-3.18120.28041370.20781225136299
3.1812-3.50080.2861390.19291252139199
3.5008-4.00610.22621380.17261242138099
4.0061-5.04230.18771400.16171256139698
5.0423-27.8180.25851460.21881322146898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7201 Å / Origin y: 0.0207 Å / Origin z: -9.8773 Å
111213212223313233
T0.1315 Å2-0.0068 Å20.0079 Å2-0.146 Å20.0254 Å2--0.1157 Å2
L1.0286 °20.2448 °20.1138 °2-0.3358 °2-0.0758 °2--0.0505 °2
S0.0348 Å °-0.1539 Å °-0.114 Å °-0.036 Å °-0.0098 Å °0.0032 Å °-0.0224 Å °-0.0288 Å °0.0148 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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