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- PDB-6jn4: Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jn4
タイトルSerine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001
要素Serine Beta-Lactamase KPC-2
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / Serine-beta-lactamase KPC-2 / KPC-2 / Carbapenemase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ACETIC ACID / Chem-BX9 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / beta-lactamase / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, G.-B. / Liu, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81874291 中国
National Natural Science Foundation of China81502989 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Development of (1-(3'-Mercaptopropanamido)methyl)boronic Acid Derived Broad-Spectrum, Dual-Action Inhibitors of Metallo- and Serine-beta-lactamases.
著者: Wang, Y.L. / Liu, S. / Yu, Z.J. / Lei, Y. / Huang, M.Y. / Yan, Y.H. / Ma, Q. / Zheng, Y. / Deng, H. / Sun, Y. / Wu, C. / Yu, Y. / Chen, Q. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine Beta-Lactamase KPC-2
B: Serine Beta-Lactamase KPC-2
C: Serine Beta-Lactamase KPC-2
D: Serine Beta-Lactamase KPC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,78825
ポリマ－112,3184
非ポリマー2,47021
水11,836657
1
A: Serine Beta-Lactamase KPC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7427
ポリマ－28,0801
非ポリマー6636
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine Beta-Lactamase KPC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8948
ポリマ－28,0801
非ポリマー8157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine Beta-Lactamase KPC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6826
ポリマ－28,0801
非ポリマー6025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine Beta-Lactamase KPC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4704
ポリマ－28,0801
非ポリマー3903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.785, 164.785, 94.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine Beta-Lactamase KPC-2


分子量: 28079.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPC-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q93LQ9, UniProt: Q9F663*PLUS, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 678分子

#2: 化合物
ChemComp-BX9 / [(R)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid


分子量: 271.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15BFNO3S
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35 % (v/v) Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 116149 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.313 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 2274445
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.9-1.9319.557710.7270.280.834100
1.93-1.9719.657530.7910.240.857100
1.97-2.0119.457680.8410.2080.881000.9060.93
2.01-2.0519.357470.8640.1810.8841000.7810.802
2.05-2.0919.158060.8860.1620.9071000.6940.713
2.09-2.1418.757600.8990.1450.9091000.6170.634
2.14-2.1917.257650.9070.1320.9341000.5360.552
2.19-2.2519.857770.9330.1160.9421000.5080.521
2.25-2.3220.157850.9360.1060.971000.4690.481
2.32-2.392057620.950.0980.9821000.4320.443
2.39-2.482057730.9540.0911.0111000.3970.408
2.48-2.582058000.9550.0831.0361000.3650.374
2.58-2.719.658070.9610.0791.0451000.3430.352
2.7-2.8417.958060.9590.0781.0591000.3240.334
2.84-3.0220.757930.9670.0711.0721000.3170.325
3.02-3.2520.858430.9710.0681.0891000.3020.309
3.25-3.5820.658350.9670.0661.0941000.2910.298
3.58-4.0919.158500.960.0661.0741000.2820.289
4.09-5.1620.658940.9710.0611.0061000.2730.279
5.16-5019.860540.9680.0610.9699.70.2690.276

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.96 Å47.57 Å
Translation6.96 Å47.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LCA

5lca


解像度: 1.9→47.569 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1990 1.73 %
Rwork0.1805 --
obs0.1812 115321 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.87 Å2 / Biso mean: 22.5656 Å2 / Biso min: 1.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7828 0 164 660 8652
Biso mean--28.86 26.22 -
残基数----1051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14211059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8514785
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9003-1.94780.29061380.24497723786196
1.9478-2.00050.2621420.22317988813099
2.0005-2.05930.25051380.21298056819499
2.0593-2.12580.25371440.201380498193100
2.1258-2.20180.27121420.20298084822699
2.2018-2.28990.23151420.190880828224100
2.2899-2.39410.23591420.184580968238100
2.3941-2.52040.2441430.175580978240100
2.5204-2.67830.20791480.169781088256100
2.6783-2.8850.19811440.174781738317100
2.885-3.17530.25661440.185481528296100
3.1753-3.63460.18691420.172881438285100
3.6346-4.57870.20581330.15682228355100
4.5787-47.58420.18511480.16928358850699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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