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万見
- PDB-6jid: Human MTHFD2 in complex with Compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jid
タイトルHuman MTHFD2 in complex with Compound 1
要素Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHIBITOR / FOLATE / COFACTOR / DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process ...methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BQC / PHOSPHATE ION / Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Suzuki, M. / Matsui, Y. / Matsuhashi, N. / Kawai, J.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of an Isozyme-Selective MTHFD2 Inhibitor with a Tricyclic Coumarin Scaffold.
著者: Kawai, J. / Ota, M. / Ohki, H. / Toki, T. / Suzuki, M. / Shimada, T. / Matsui, S. / Inoue, H. / Sugihara, C. / Matsuhashi, N. / Matsui, Y. / Takaishi, S. / Nakayama, K.
履歴
登録2019年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
B: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7429
ポリマ－70,4312
非ポリマー1,3117
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.480, 116.480, 113.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial


分子量: 35215.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD2, NMDMC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P13995, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-BQC / 5-(4-oxo-2-phenyl-1,5,7,8-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidine-6(4H)-carbonyl)-1,3-dihydro-2H-2lambda~6~,1-benzothiazole-2,2-dione


分子量: 422.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% i-PrOH, 0.1M bis-Tris, pH 6.5, 3% PEG 200, 10mM spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 30155 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.088 % / Biso Wilson estimate: 67.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 20.61 / Num. measured all: 153418 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.575.2030.472.8822140.960.52399.9
2.57-2.645.0210.3453.6421740.980.38699.9
2.64-2.715.1910.2954.4221060.9820.32899.9
2.71-2.85.2530.2255.4220260.990.2599.8
2.8-2.895.0230.1557.2119860.9940.17499.8
2.89-2.995.260.1319.1919330.9960.14599.9
2.99-3.15.2660.10511.3418340.9970.11699.9
3.1-3.235.150.08414.4117910.9980.093100
3.23-3.375.0040.06318.5117160.9980.0799.9
3.37-3.545.2230.05423.6716570.9990.06100
3.54-3.734.9190.04328.3915430.9990.04899.9
3.73-3.955.2090.03933.4914770.9990.043100
3.95-4.235.0360.03438.1413800.9990.03899.9
4.23-4.564.7650.0341.5912930.9990.03499.9
4.56-54.9950.02845.1811960.9990.03299.8
5-5.594.8740.03144.0810900.9990.03599.9
5.59-6.465.0530.02845.139460.9990.03199.5
6.46-7.914.8390.02449.088120.9990.026100
7.91-11.184.8430.0253.8462910.02399.8
11.18-254.8470.01854.123520.9990.0298.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DIA

1dia


解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 11.068 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.26 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 1567 5.2 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2027 28557 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 166.26 Å2 / Biso mean: 75.555 Å2 / Biso min: 37.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å21.47 Å20 Å2
2--2.93 Å2-0 Å2
3----9.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4263 0 88 38 4389
Biso mean--83.75 66.01 -
残基数----583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.6496063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1635579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26523.26181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.65815697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.111521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023312
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.587 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 157 -
Rwork0.368 2770 -
all-2927 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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