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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j8w | ||||||
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タイトル | Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 | ||||||
要素 | MoeN5,DNA-binding protein 7d | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / MOENOMYCIN / ANTIBIOTICS / BIOSYNTHESIS / PRENYL TRANSFERASE / ALPHA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces ghanaensis (バクテリア) Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Ko, T.P. / Zhang, L.L. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019 タイトル: Complex structures of MoeN5 with substrate analogues suggest sequential catalytic mechanism. 著者: Zhang, L.L. / Ko, T.P. / Malwal, S.R. / Liu, W.D. / Zhou, S.Y. / Yu, X.J. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j8w.cif.gz | 243.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j8w.ent.gz | 194 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j8w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j8w_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j8w_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6j8w_validation.xml.gz | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j8w_validation.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/6j8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/6j8w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37581.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MOEN5-SSO7D fusion protein 由来: (組換発現) Streptomyces ghanaensis (バクテリア), (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 遺伝子: moeN5, sso7d, sso7d-1, SSO10610 / プラスミド: pET32Xa/LIC / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A010, UniProt: P39476 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % / Mosaicity: 0.748 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.34→25 Å / Num. obs: 65630 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.419 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 461075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B02 解像度: 2.35→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.027 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→25 Å
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拘束条件 |
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