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- PDB-6izq: PRMT4 bound with a bicyclic compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6izq
タイトルPRMT4 bound with a bicyclic compound
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE / Histone-arginine methyltransferase CARM1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity ...negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone H2AQ104 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / : / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RMTs methylate histone arginines / : / DNA-binding transcription factor binding / methylation / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich ...Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XJ2 / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.449 Å
データ登録者Xiong, B. / Cao, D.Y. / Guo, Z.H. / Li, Y.L. / Li, J. / Huang, X. / Shen, J.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design and Synthesis of Potent, Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 against Acute Myeloid Leukemia.
著者: Guo, Z. / Zhang, Z. / Yang, H. / Cao, D. / Xu, X. / Zheng, X. / Chen, D. / Wang, Q. / Li, Y. / Li, J. / Du, Z. / Wang, X. / Chen, L. / Ding, J. / Shen, J. / Geng, M. / Huang, X. / Xiong, B.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,7685
ポリマ－151,5334
非ポリマー2341
水99155
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1182
ポリマ－37,8831
非ポリマー2341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8831
ポリマ－37,8831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8831
ポリマ－37,8831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8831
ポリマ－37,8831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,53510
ポリマ－303,0668
非ポリマー4692
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area23150 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area95800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.788, 98.926, 206.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 37883.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-XJ2 / (2R)-1-(methylamino)-3-(1,3,4,5-tetrahydro-2-benzazepin-2-yl)propan-2-ol


分子量: 234.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.15M sodium malate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.449→89.24 Å / Num. obs: 56632 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.449→2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 2.449→89.24 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 1997 3.53 %
Rwork0.1905 --
obs0.1925 56632 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.449→89.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10553 0 17 55 10625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.914712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3096366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4492-2.51050.29551420.19853886X-RAY DIFFRACTION99
2.5105-2.57840.30841430.19983905X-RAY DIFFRACTION99
2.5784-2.65430.26121410.20173849X-RAY DIFFRACTION99
2.6543-2.73990.27531420.20853883X-RAY DIFFRACTION100
2.7399-2.83790.29281420.20673890X-RAY DIFFRACTION100
2.8379-2.95150.30381420.21983881X-RAY DIFFRACTION100
2.9515-3.08580.31041430.2193911X-RAY DIFFRACTION100
3.0858-3.24850.29311440.22053941X-RAY DIFFRACTION100
3.2485-3.45210.26731430.20633909X-RAY DIFFRACTION100
3.4521-3.71860.25491280.19013491X-RAY DIFFRACTION89
3.7186-4.09280.21891440.17983947X-RAY DIFFRACTION99
4.0928-4.6850.19911450.15693985X-RAY DIFFRACTION100
4.685-5.90250.22791470.17134021X-RAY DIFFRACTION100
5.9025-89.29950.21971510.19474136X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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