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- PDB-6iup: Crystal structure of FGFR4 kinase domain in complex with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iup
タイトルCrystal structure of FGFR4 kinase domain in complex with compound 5
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / protein kinase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / transport vesicle / FRS-mediated FGFR4 signaling / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / glucose homeostasis / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AX0 / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, Y. / Liu, Q.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Development of a Series of Pyrazolo[3,4-d]pyridazinone Compounds as the Novel Covalent Fibroblast Growth Factor Receptor Inhibitors by the Rational Drug Design.
著者: Wang, Y. / Dai, Y. / Wu, X. / Li, F. / Liu, B. / Li, C. / Liu, Q. / Zhou, Y. / Wang, B. / Zhu, M. / Cui, R. / Tan, X. / Xiong, Z. / Liu, J. / Tan, M. / Xu, Y. / Geng, M. / Jiang, H. / Liu, H. / Ai, J. / Zheng, M.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4823
ポリマ－35,9631
非ポリマー5192
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area14470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 61.150, 61.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 35963.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 445-753 / 変異: R664E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-AX0 / N-{4-[4-amino-3-(3,5-dimethyl-1-benzofuran-2-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-2H-pyrazolo[3,4-d]pyridazin-2-yl]phenyl}prop-2-enamide


分子量: 440.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH5.5, 0.2M Li2SO4, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.118 Å / Num. obs: 40623 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.143 % / Biso Wilson estimate: 16.64 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 10.38 / Num. measured all: 87038
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.052.1330.2972.886464306530310.8540.39298.9
2.05-2.112.130.253.446289297329520.890.33199.3
2.11-2.172.1390.2044.166049285628280.9240.26999
2.17-2.242.1280.1914.55977283028090.9290.25399.3
2.24-2.312.1420.175.175710267926660.9490.22599.5
2.31-2.392.1330.1455.925524261125900.9570.19299.2
2.39-2.482.1320.1346.585508260025830.9610.17899.3
2.48-2.582.1420.1197.225048239423570.9660.15898.5
2.58-2.72.150.0968.595021236023350.980.12898.9
2.7-2.832.1440.083104714223321990.9830.11198.5
2.83-2.982.140.06612.044538214321210.9890.08899
2.98-3.162.1310.05713.264182199619620.9920.07698.3
3.16-3.382.1320.04816.683971189418630.9930.06498.4
3.38-3.652.1320.03819.463629174617020.9960.0597.5
3.65-42.0980.03421.523338162115910.9960.04598.1
4-4.472.1950.0324.063122144814220.9970.0498.2
4.47-5.162.1960.03123.812848131212970.9960.04298.9
5.16-6.322.210.03422.472356109410660.9950.04697.4
6.32-8.942.2010.02924.9717818358090.9970.03996.9
8.94-32.1182.2020.02431.929694704400.9980.03293.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.5 Å34.54 Å
Translation5.5 Å34.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QQT

4qqt


解像度: 2→32.118 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 21.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 2025 4.99 %
Rwork0.1694 38593 -
obs0.1724 40618 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.69 Å2 / Biso mean: 19.5483 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→32.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 37 276 2552
Biso mean--21.44 25.66 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8433187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8671405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.04990.22581450.1854279699
2.0499-2.10530.27691470.192276299
2.1053-2.16720.25591400.1909273699
2.1672-2.23720.28491500.1921279199
2.2372-2.31710.23491420.1774273599
2.3171-2.40990.23171470.17279699
2.4099-2.51950.24051440.1679274799
2.5195-2.65230.21521490.1778281599
2.6523-2.81840.24641440.1799270899
2.8184-3.03580.22811420.1789275999
3.0358-3.3410.22181440.168274998
3.341-3.82380.19041460.1514274998
3.8238-4.8150.19731460.141273099
4.815-100.24041390.1726272097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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