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万見
- PDB-6igz: Structure of PSI-LHCI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6igz
タイトルStructure of PSI-LHCI
要素
  • Lhca-a
  • Lhca-b
  • Lhca-c
  • Lhca-d
  • Lhca-g
  • Lhca-h
  • Lhca-i
  • Lhca-j
  • Photosystem I reaction center subunit XII
  • PsaA
  • PsaB
  • PsaC
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
  • PsaG
  • PsaH
  • PsaI
  • PsaJ
  • PsaK
  • PsaL
キーワードPLANT PROTEIN / PSI-LHCI
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant ...: / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I reaction center subunit XII ...Chem-8CT / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-J / PsaK / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / 9 kDa polypeptide / PsaD / PsaE / PSI-F / PsaH / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Xiong, P. / Xiaochun, Q.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structure of a green algal photosystem I in complex with a large number of light-harvesting complex I subunits.
著者: Xiaochun Qin / Xiong Pi / Wenda Wang / Guangye Han / Lixia Zhu / Mingmei Liu / Linpeng Cheng / Jian-Ren Shen / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui /
要旨: Photosystem I (PSI) is a highly efficient natural light-energy converter, and has diverse light-harvesting antennas associated with its core in different photosynthetic organisms. In green algae, an ...Photosystem I (PSI) is a highly efficient natural light-energy converter, and has diverse light-harvesting antennas associated with its core in different photosynthetic organisms. In green algae, an extremely large light-harvesting complex I (LHCI) captures and transfers energy to the PSI core. Here, we report the structure of PSI-LHCI from a green alga Bryopsis corticulans at 3.49 Å resolution, obtained by single-particle cryo-electron microscopy, which revealed 13 core subunits including subunits characteristic of both prokaryotes and eukaryotes, and 10 light-harvesting complex a (Lhca) antennas that form a double semi-ring and an additional Lhca dimer, including a novel four-transmembrane-helix Lhca. In total, 244 chlorophylls were identified, some of which were located at key positions for the fast energy transfer. These results provide a firm structural basis for unravelling the mechanisms of light-energy harvesting, transfer and quenching in the green algal PSI-LHCI, and important clues as to how PSI-LHCI has changed during evolution.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月1日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42020年3月4日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
Item: _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9670
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PsaA
B: PsaB
C: PsaC
D: PsaD
E: PsaE
F: PsaF
G: PsaG
H: PsaH
I: PsaI
J: PsaJ
K: PsaK
L: PsaL
1: Lhca-a
2: Lhca-c
3: Lhca-d
4: Lhca-b
6: Lhca-g
5: Lhca-a
7: Lhca-h
8: Lhca-b
9: Lhca-i
0: Lhca-j
M: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)841,704343
ポリマ－579,24923
非ポリマー262,455320
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 18種, 20分子 ABCDEFGHKL1523486790

#1: タンパク質 PsaA


分子量: 83412.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ2*PLUS
#2: タンパク質 PsaB


分子量: 82164.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H003*PLUS
#3: タンパク質 PsaC


分子量: 8880.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H005*PLUS
#4: タンパク質 PsaD


分子量: 21733.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H006*PLUS
#5: タンパク質 PsaE


分子量: 10096.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H007*PLUS
#6: タンパク質 PsaF


分子量: 25129.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H008*PLUS
#7: タンパク質 PsaG


分子量: 18226.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
#8: タンパク質 PsaH


分子量: 14400.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H009*PLUS
#11: タンパク質 PsaK


分子量: 12487.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ4*PLUS
#12: タンパク質 PsaL


分子量: 21338.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ5*PLUS
#13: タンパク質 Lhca-a


分子量: 24458.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ6*PLUS
#14: タンパク質 Lhca-c


分子量: 27808.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ7*PLUS
#15: タンパク質 Lhca-d


分子量: 30409.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ8*PLUS
#16: タンパク質 Lhca-b


分子量: 26575.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ9*PLUS
#17: タンパク質 Lhca-g


分子量: 29300.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H000*PLUS
#18: タンパク質 Lhca-h


分子量: 28621.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H001*PLUS
#19: タンパク質 Lhca-i


分子量: 24152.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H002*PLUS
#20: タンパク質 Lhca-j


分子量: 26910.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H004*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 IJM

#9: タンパク質・ペプチド PsaI


分子量: 3859.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8H010*PLUS
#10: タンパク質・ペプチド PsaJ


分子量: 4744.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ3*PLUS
#21: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PsaM / PSI-M


分子量: 3505.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) / 参照: UniProt: A0A0D6E2L8

-
糖 , 2種, 3分子

#26: 糖 ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#28: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 8種, 317分子

#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#24: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物...
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#29: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#30: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#31: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-LHCI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.852 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.4 / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59525 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00954746
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.96678218
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.14832460
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1126449
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00610222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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