+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hti | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a benzohydroxamate inhibitor 6 | |||||||||
![]() | Histone deacetylase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen | |||||||||
機能・相同性 | ![]() histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants. 著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / ...著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / Ennifar, E. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. / Romier, C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 646.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 535.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6hqyC ![]() 6hrqC ![]() 6hsfC ![]() 6hsgC ![]() 6hshC ![]() 6hskC ![]() 6hszC ![]() 6ht8C ![]() 6htgC ![]() 6hthC ![]() 6httC ![]() 6htzC ![]() 6hu0C ![]() 6hu1C ![]() 6hu2C ![]() 6hu3C ![]() 4bz5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 507分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GQW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GQW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-GQW / ~{ #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.693→48.13 Å / Num. obs: 189854 / % possible obs: 94.33 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1068 / Net I/σ(I): 8.28 |
反射 シェル | 解像度: 1.693→1.754 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8915 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 17480 / CC1/2: 0.451 / % possible all: 87.09 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4BZ5 解像度: 1.693→48.125 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.693→48.125 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|