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- PDB-6hti: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a b... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hti | |||||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a benzohydroxamate inhibitor 6 | |||||||||
![]() | Histone deacetylase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen | |||||||||
Function / homology | ![]() histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants. Authors: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. ...Authors: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / Ennifar, E. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. / Romier, C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 646.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 535.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hqyC ![]() 6hrqC ![]() 6hsfC ![]() 6hsgC ![]() 6hshC ![]() 6hskC ![]() 6hszC ![]() 6ht8C ![]() 6htgC ![]() 6hthC ![]() 6httC ![]() 6htzC ![]() 6hu0C ![]() 6hu1C ![]() 6hu2C ![]() 6hu3C ![]() 4bz5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 50583.027 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 507 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GQW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GQW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-GQW / ~{ #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 15, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.693→48.13 Å / Num. obs: 189854 / % possible obs: 94.33 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1068 / Net I/σ(I): 8.28 |
Reflection shell | Resolution: 1.693→1.754 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8915 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 17480 / CC1/2: 0.451 / % possible all: 87.09 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BZ5 Resolution: 1.693→48.125 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / Phase error: 22.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.693→48.125 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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