PDB-6hgx: Soluble epoxide hydrolase in complex with 1-(4-((4-(tert-butyl)mo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hgx

タイトル

Soluble epoxide hydrolase in complex with 1-(4-((4-(tert-butyl)morpholin-2-yl)methoxy)phenyl)-3-cyclohexylurea

要素

Bifunctional epoxide hydrolase 2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex / sEH

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / phospholipid dephosphorylation / epoxide metabolic process / lipid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Kramer, J.S. / Pogoryelov, D. / Hiesinger, K. / Proschak, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Computer-Aided Selective Optimization of Side Activities of Talinolol.
著者: Hiesinger, K. / Kramer, J.S. / Achenbach, J. / Moser, D. / Weber, J. / Wittmann, S.K. / Morisseau, C. / Angioni, C. / Geisslinger, G. / Kahnt, A.S. / Kaiser, A. / Proschak, A. / Steinhilber, ...

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hgx.cif.gz	151 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hgx.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hgvC 6fr2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yl4-1 6hgw-1 4c4z-d 4qqs-d 4x6y-d 6hgv-1 3ans-d 4x6x-d 3qjj-d 4ube-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (6) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.800, 92.000, 105.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-744- HOH

#1: タンパク質	Bifunctional epoxide hydrolase 2 分子量: 39648.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-G3T / 1-[4-[[(2~{S})-4-~{tert}-butylmorpholin-2-yl]methoxy]phenyl]-3-cyclohexyl-urea 分子量: 389.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₅N₃O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 uL protein solution Protein (5-10 mg/mL , 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 10% glycerol (98%), 2 mM DTT at pH 7.4) was mixed in different ratios (2/1, 1/1, 1/2) with precipitant solution ...詳細: 1 uL protein solution Protein (5-10 mg/mL , 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 10% glycerol (98%), 2 mM DTT at pH 7.4) was mixed in different ratios (2/1, 1/1, 1/2) with precipitant solution (23 %-28 % (w/v) polyethylenglycol (PEG) 6000, 70 mM ammonium acetat, 200 mM magnesium acetat, 100 mM sodium cacodylate at pH 6.1-6.5) PH範囲: 6.0-6.55

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.69 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 uL protein solution Protein (5-10 mg/mL , 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 10% glycerol (98%), 2 mM DTT at pH 7.4) was mixed in different ratios (2/1, 1/1, 1/2) with precipitant solution ...
PH範囲: 6.0-6.55

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月16日

放射

モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.072 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→52.85 Å / Num. obs: 21319 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.362 % / B_iso Wilson estimate: 40.5 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 0.971 / Net I/σ(I): 10.28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	6.407	1.016	1.39	1436	0.724	1.104	91
2.21-2.27	6.741	0.834	1.86	1508	0.791	0.905	99.9
2.27-2.33	6.643	0.667	2.37	1488	0.885	0.725	100
2.33-2.41	6.577	0.582	2.75	1438	0.903	0.634	100
2.41-2.49	6.472	0.519	3.1	1406	0.93	0.566	99.9
2.49-2.57	6.227	0.426	3.75	1360	0.954	0.467	100
2.57-2.67	5.744	0.322	4.71	1305	0.97	0.355	99.9
2.67-2.78	5.756	0.277	5.65	1277	0.978	0.305	99.9
2.78-2.9	6.26	0.216	7.58	1188	0.987	0.236	100
2.9-3.04	6.125	0.19	9.65	1160	0.987	0.209	99.8
3.04-3.21	6.712	0.185	13.15	1118	0.99	0.201	100
3.21-3.4	6.799	0.157	15.54	1047	0.99	0.17	99.9
3.4-3.64	6.525	0.126	18.67	993	0.992	0.137	100
3.64-3.93	5.876	0.105	19.97	920	0.994	0.116	99.9
3.93-4.31	6.466	0.088	23.56	848	0.995	0.095	100
4.31-4.81	6.725	0.073	26.16	786	0.997	0.08	100
4.81-5.56	6.601	0.077	25.83	692	0.996	0.084	100
5.56-6.81	6.219	0.073	24.11	597	0.996	0.08	100
6.81-9.63	5.832	0.05	28.82	470	0.998	0.055	99.8
9.63-52.85	5.95	0.042	34.3	282	0.997	0.047	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FR2

6fr2

解像度: 2.16→52.85 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	2043	9.64 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.2073	21197	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.35 Å² / B_iso mean: 55.4339 Å² / B_iso min: 25.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→52.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2548	0	29	112	2689
B_iso mean	-	-	95.05	53.13	-
残基数	-	-	-	-	318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2683
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	3647
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.131	1002

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.16-2.2103	0.3201	133	0.2997	1243	1376	100
2.2103-2.2656	0.3486	134	0.2793	1242	1376	100
2.2656-2.3268	0.302	133	0.2588	1254	1387	99
2.3268-2.3953	0.3251	135	0.2682	1273	1408	100
2.3953-2.4726	0.3475	134	0.274	1258	1392	100
2.4726-2.561	0.2969	134	0.2769	1259	1393	100
2.561-2.6635	0.3495	137	0.2872	1269	1406	100
2.6635-2.7847	0.3637	136	0.2924	1284	1420	100
2.7847-2.9315	0.2796	134	0.2552	1250	1384	100
2.9315-3.1152	0.3461	137	0.2457	1281	1418	100
3.1152-3.3556	0.2402	136	0.1959	1280	1416	100
3.3556-3.6933	0.2351	137	0.173	1288	1425	100
3.6933-4.2275	0.1814	137	0.1503	1292	1429	100
4.2275-5.3254	0.2014	140	0.1409	1309	1449	100
5.3254-52.8658	0.2197	146	0.1835	1372	1518	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.119	1.0245	-0.1535	3.5538	0.027	2.7071	-0.0629	-0.0614	-0.1676	-0.1444	-0.0068	-0.1623	0.0973	0.1045	0.033	0.1972	0.0038	0.041	0.2281	0.0135	0.28	-4.0704	-13.7721	-32.844
2	3.2975	-3.1367	0.6741	3.2234	0.1009	4.4811	-0.4563	-0.3036	-1.4579	-0.1793	0.5075	0.6477	1.2944	-0.796	0.0448	0.8525	-0.1327	0.104	0.5614	0.0545	0.7426	-13.3155	-31.2642	-44.8033
3	4.1845	3.0785	-3.997	4.3593	-1.6803	4.5688	-0.3691	-0.2598	-0.6804	-0.3281	0.2148	-0.1537	0.8655	0.3222	0.2054	0.4434	-0.0246	-0.0879	0.4647	0.0601	0.5156	-24.6448	-20.8989	-43.3282
4	2.9719	-0.1512	0.0138	2.9229	-0.167	2.2203	-0.0899	-0.0144	-0.2692	-0.1751	0.0851	0.0734	0.2147	-0.1057	-0.0214	0.3187	-0.0535	0.028	0.2527	0.0276	0.3145	-14.1692	-20.6689	-32.1476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 229 through 370 )	A	229 - 370
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 371 through 399 )	A	371 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 400 through 421 )	A	400 - 421
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 422 through 547 )	A	422 - 547

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)