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- PDB-6hay: Crystal structure of PROTAC 1 in complex with the bromodomain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hay
タイトルCrystal structure of PROTAC 1 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Probable global transcription activator SNF2L2
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードGENE REGULATION / bromodomain / E3 Ubiquitin Protein Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / Formation of the polybromo-BAF (pBAF) complex ...bBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / Formation of the polybromo-BAF (pBAF) complex / Formation of the non-canonical BAF (ncBAF) complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome array spacer activity / intermediate filament cytoskeleton / target-directed miRNA degradation / elongin complex / regulation of nucleotide-excision repair / Replication of the SARS-CoV-1 genome / transcription elongation factor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of T cell differentiation / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / spermatid development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of signal transduction / ATP-dependent activity, acting on DNA / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / ciliary tip / transcription corepressor binding / negative regulation of autophagy / helicase activity / protein serine/threonine kinase binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of cell growth / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / RMTs methylate histone arginines / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / nervous system development / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / heterochromatin formation / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / histone binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / amyloid fibril formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / cilium / protein ubiquitination / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Helicase conserved C-terminal domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / helicase superfamily c-terminal domain / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-FX8 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Roy, M. / Bader, G. / Diers, E. / Trainor, N. / Farnaby, W. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLs
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: BAF complex vulnerabilities in cancer demonstrated via structure-based PROTAC design.
著者: Farnaby, W. / Koegl, M. / Roy, M.J. / Whitworth, C. / Diers, E. / Trainor, N. / Zollman, D. / Steurer, S. / Karolyi-Oezguer, J. / Riedmueller, C. / Gmaschitz, T. / Wachter, J. / Dank, C. / ...著者: Farnaby, W. / Koegl, M. / Roy, M.J. / Whitworth, C. / Diers, E. / Trainor, N. / Zollman, D. / Steurer, S. / Karolyi-Oezguer, J. / Riedmueller, C. / Gmaschitz, T. / Wachter, J. / Dank, C. / Galant, M. / Sharps, B. / Rumpel, K. / Traxler, E. / Gerstberger, T. / Schnitzer, R. / Petermann, O. / Greb, P. / Weinstabl, H. / Bader, G. / Zoephel, A. / Weiss-Puxbaum, A. / Ehrenhofer-Wolfer, K. / Wohrle, S. / Boehmelt, G. / Rinnenthal, J. / Arnhof, H. / Wiechens, N. / Wu, M.Y. / Owen-Hughes, T. / Ettmayer, P. / Pearson, M. / McConnell, D.B. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
E: Probable global transcription activator SNF2L2
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,09834
ポリマ－111,6128
非ポリマー3,48626
水5,405300
1
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,45317
ポリマ－55,8064
非ポリマー1,64713
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: Probable global transcription activator SNF2L2
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,64517
ポリマ－55,8064
非ポリマー1,83913
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.725, 117.260, 121.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDF-1b DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDF-1b DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 5種, 326分子

#5: 化合物 ChemComp-FX8 / (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[2-[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 918.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H60FN9O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.75

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→48.33 Å / Num. obs: 105978 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.97 % / Biso Wilson estimate: 52.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.24→2.37 Å / 冗長度: 6.94 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 16832 / CC1/2: 0.81 / Rrim(I) all: 0.919 / % possible all: 97.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.25 Å48.33 Å
Translation2.25 Å48.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 1, 2017データ削減
XSCALEJun 1, 2017データスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T35, 4QY4

5t35

4qy4


解像度: 2.24→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2774 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 55493 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 165.73 Å2 / Biso mean: 55.66 Å2 / Biso min: 25.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4546 Å20 Å20 Å2
2--5.7471 Å20 Å2
3----10.2017 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7424 0 236 300 7960
Biso mean--57.44 52.23 -
残基数----930
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2798SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1112HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7889HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1015SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9182SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7889HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10674HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.43
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 203 5.02 %
Rwork0.202 3841 -
all0.204 4044 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.63232.04080.83892.61661.03991.3978-0.2326-0.39450.8144-0.1490.00070.5237-0.1781-0.11860.2319-0.11710.0024-0.1279-0.16560.023-0.0511-49.744215.0301-30.5413
22.43170.06561.75570.92010.13412.1643-0.29420.22970.1171-0.02280.12990.0533-0.2830.03520.1642-0.0161-0.0071-0.0221-0.11240.0356-0.0853-14.562814.9976-21.3984
32.736-0.90931.05950.9082-0.27632.5587-0.11830.19890.0173-0.0786-0.0379-0.213-0.22080.39170.1562-0.0382-0.00760.001-0.07860.0335-0.0269.150111.8912-4.8239
41.1624-1.24491.3212.6365-1.28882.4781-0.0027-0.1766-0.2085-0.10910.13280.29380.0212-0.1501-0.1301-0.11670.02730.0003-0.07270.04380.037.0228-0.48348.6922
54.46450.91910.21962.8250.32451.7061-0.0682-0.1669-0.61730.4009-0.0536-0.64220.41460.11490.1219-0.04830.0141-0.0088-0.16960.0111-0.019115.1898-16.9151-33.6418
63.10130.2336-1.78770.6819-0.27781.6022-0.35180.1547-0.6664-0.00530.08040.14580.1786-0.060.2715-0.0939-0.03190.1415-0.183-0.03570.0817-18.7872-17.4908-21.1752
73.6298-1.4648-1.56322.53230.42422.1632-0.30780.1016-0.7080.0261-0.14660.32640.2115-0.14840.4543-0.1052-0.00480.1256-0.12990.01570.0627-40.5362-14.8959-4.6521
82.5958-0.8674-1.81822.79461.77472.4441-0.1678-0.4223-0.1954-0.0067-0.0003-0.13710.04660.31630.1681-0.1270.0320.01920.01390.1108-0.0899-40.4934-1.95858.2372
91.1934-0.62830.43070-0.38960-0.13420.22690.0061-0.12470.06990.0666-0.0202-0.05790.06430.0348-0.05740.0194-0.0271-0.00880.0059-16.7438-0.892-28.7452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1374 - 1493
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B59 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C16 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1377 - 1491
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F59 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G16 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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