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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h7s | ||||||
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タイトル | Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/A198L variant in complex with L-2-keto-3deoxy-gluconate | ||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase | ||||||
![]() | LYASE / aldolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/A198L variant 著者: Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33061.273 Da / 分子数: 2 / 変異: T157V, A198L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O54288, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 15% PEG4K, 12% isopropanol, 0.1M HEPES pH 5.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 13375 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Net I/σ(I): 5.68 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Num. unique obs: 675 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1W37 解像度: 3.202→26.265 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.202→26.265 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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