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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gxa | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with an hydroxamate 2 | |||||||||
![]() | Histone deacetylase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen | |||||||||
機能・相同性 | ![]() histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Synthesis, Crystallization Studies, and in vitro Characterization of Cinnamic Acid Derivatives as SmHDAC8 Inhibitors for the Treatment of Schistosomiasis. 著者: Bayer, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Shaik, T.B. / Hausmann, K. / Melesina, J. / Schmidtkunz, K. / Marek, M. / Erdmann, F. / Schmidt, M. / Robaa, D. / Romier, C. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 660.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 545.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 87.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 595分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/TB8.gif)
![](data/chem/img/DMF.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/TB8.gif)
![](data/chem/img/DMF.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-TB8 / (~{ #5: 化合物 | ChemComp-DMF / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45 Å / Num. obs: 88612 / % possible obs: 95.92 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 7.83 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.27 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4BZ5 解像度: 2.1→43.146 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 24.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.146 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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