PDB-6gky: Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gky

タイトル

Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound to N-methylheliamine and SAH

要素

Coclaurine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / N-methylheliamine / Coclaurine N-Methyltransferase

機能・相同性

(RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase / (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 6,7-dimethoxy-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Coclaurine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Coptis japonica (オウレン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.847 Å

データ登録者

Dunstan, M.S. / Levy, C.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Structure and Biocatalytic Scope of Coclaurine N-Methyltransferase.
著者: Bennett, M.R. / Thompson, M.L. / Shepherd, S.A. / Dunstan, M.S. / Herbert, A.J. / Smith, D.R.M. / Cronin, V.A. / Menon, B.R.K. / Levy, C. / Micklefield, J.

履歴

登録	2018年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.2	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gky.cif.gz	304.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gky.ent.gz	250.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gky_validation.pdf.gz	909.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gky_full_validation.pdf.gz	926.9 KB	表示
XML形式データ	6gky_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	6gky_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gkvC 6gkzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kew-d 5r0k-d 5qyr-d 5qzv-d 5r0b-d 5qzr-d 5qyv-d 5qzo-d 5qys-d 5r09-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coclaurine N-methyltransferase

B: Coclaurine N-methyltransferase

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Coclaurine N-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Coclaurine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.295, 95.957, 154.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coclaurine N-methyltransferase 分子量: 41070.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coptis japonica (オウレン) / 遺伝子: cnmt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q948P7, (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-F2Z / 6,7-dimethoxy-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one / 6,7-ジメトキシ-1,2-ジヒドロイソキノリン-3(4H)-オン分子量: 207.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃NO₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Ethylene Glycol 0.1 M HEPES/MOPS (pH 7.4) 37.5 % MPD_PEG 1K/PEG 3350 and 1 mM AdoHcy

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.847→50 Å / Num. obs: 17366 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.85→3.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
X-Area		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.847→46.097 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2954	866	4.99 %
R_work	0.2151	-	-
obs	0.219	17366	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 223.61 Å² / B_iso mean: 83.0753 Å² / B_iso min: 29.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.847→46.097 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5750	0	108	0	5858
B_iso mean	-	-	88.29	-	-
残基数	-	-	-	-	702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.608	8058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	880
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.565	2234

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8472-3.0256	0.3895	148	0.3128	2654	2802	98
3.0256-3.2591	0.3772	140	0.2941	2709	2849	100
3.2591-3.587	0.3158	134	0.238	2734	2868	100
3.587-4.1058	0.2951	145	0.2116	2731	2876	100
4.1058-5.1717	0.2925	136	0.1825	2783	2919	100
5.1717-46.1032	0.2522	163	0.1955	2889	3052	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9723	0.5373	0.5357	1.9567	-0.351	2.8685	0.0264	-0.3461	-0.03	0.2509	0.1941	0.159	0.3637	-0.7564	-0.1482	0.4618	-0.0579	0.057	0.4818	-0.0194	0.4753	7.9997	10.6762	-18.3869
2	1.8343	-0.9484	1.6963	2.2177	-0.9289	1.5807	-0.1876	-0.4818	0.1774	0.269	0.1642	-0.4867	-0.1564	0.2602	-0.0337	0.4391	-0.0389	-0.0331	0.7083	0.0073	0.6069	29.1953	24.68	-20.7393
3	2.3391	0.8906	1.0507	0.6367	0.4658	1.5098	-0.3852	-0.1384	0.6222	0.2932	0.1254	-0.3684	-0.7263	0.0798	0.1137	0.7282	-0.0864	-0.2133	0.4333	-0.0214	0.673	27.8689	36.1545	-21.2153
4	1.8773	-0.6229	0.715	2.8676	-1.0947	2.7103	0.0003	-0.2323	0.09	0.0079	0.1229	-0.1831	0.1245	-0.0734	-0.0669	0.2386	0.0157	0.0287	0.3529	-0.0802	0.3376	19.9726	18.1737	-19.8881
5	2.1396	-0.5368	-1.6754	1.6827	1.2126	3.4794	0.1483	-0.353	0.0392	0.1176	0.0555	0.0914	-0.5641	0.4309	-0.3369	0.636	-0.0982	-0.0246	0.4956	-0.0413	0.4786	-12.7049	40.1716	56.712
6	2.0105	0.3507	-1.6834	1.4495	0.422	1.7551	0.1636	-0.8233	-0.2514	0.7904	-0.2029	0.5261	0.2837	0.0533	0.3146	1.0059	-0.1914	0.2378	0.8365	-0.0741	0.7094	-29.1086	25.8649	61.2119
7	0.9967	-1.009	-0.425	3.2146	-0.0885	1.7728	0.1766	0.2025	-0.1749	0.9287	-0.6253	0.7344	0.2738	-0.4376	0.4054	0.5494	-0.2008	0.1454	0.791	-0.082	0.6422	-34.3909	17.7666	49.9261
8	2.203	1.007	-0.6627	2.444	-1.619	2.853	0.2772	-0.4982	-0.3977	0.5257	-0.4139	-0.0986	0.7744	-0.1779	0.0459	0.8034	-0.1038	0.031	0.5527	-0.0484	0.4867	-27.9865	11.5164	57.5949
9	1.8837	-0.3549	-0.7271	2.4731	0.7336	1.9083	0.1734	-0.3662	0.169	0.5595	-0.2116	0.131	-0.0307	0.0158	0.0865	0.7194	-0.0745	0.0832	0.4657	-0.0223	0.4117	-23.1906	30.6857	56.3742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 66 )	A	7 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 141 )	A	67 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 222 )	A	142 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 357 )	A	223 - 357
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 66 )	B	7 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 67 through 109 )	B	67 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 110 through 141 )	B	110 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 142 through 222 )	B	142 - 222
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 223 through 357 )	B	223 - 357

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