PDB-6ge8: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis BioA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ge8

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis BioA

要素

Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / BioA / PLP / Hydrazine / Biotin / mycobacterium tuberculosis / transaminase

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-EWE / :

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.869 Å

データ登録者

Ekstrom, A. / Campopiano, D.J. / Marles-Wright, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis BioA
著者: Marles-Wright, J.

履歴

登録	2018年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / refine_hist Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _refine_hist.d_res_low
改定 1.2	2019年8月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ge8.cif.gz	472.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ge8.ent.gz	393.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ge8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ge8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ge8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ge8_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	6ge8_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6ge8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6ge8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bv0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mqr-d 5te2-d 3tft-d 4cxr-d 3tfu-d 4xew-d 3lv2-d 4wye-d 4wyc-d 4xjl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

ヘテロ分子

98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein is a dimer by S200 gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.748, 66.559, 202.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / 7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate ...7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate synthase / DANS / Diaminopelargonic acid synthase 分子量: 48536.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: bioA, RN08_1757 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A120IWN6, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-EWE / [(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-[(2~{E})-2-[[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylidene]hydrazinyl]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium 分子量: 448.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₅O₆P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: mtBioA was dialysed against fresh PLP (50 uM), desalted (25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl) and concentrated to 10 mg/mL. Wells consisted of 100 mM HEPES pH 7.5, 100 mM MgCl2, and 5 mM small ...詳細: mtBioA was dialysed against fresh PLP (50 uM), desalted (25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl) and concentrated to 10 mg/mL. Wells consisted of 100 mM HEPES pH 7.5, 100 mM MgCl2, and 5 mM small molecule ligand, and rows 1-6 of the plate contained a range of 9-14% w/v PEG 8000

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.53 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: mtBioA was dialysed against fresh PLP (50 uM), desalted (25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl) and concentrated to 10 mg/mL. Wells consisted of 100 mM HEPES pH 7.5, 100 mM MgCl2, and 5 mM small ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月16日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.869→29.85 Å / Num. obs: 71080 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1332 / R_pim(I) all: 0.04124 / R_rim(I) all: 0.1396 / Net I/σ(I): 12.41
反射シェル	解像度: 1.869→1.936 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1.393 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 6947 / CC_1/2: 0.579 / R_pim(I) all: 0.4321 / R_rim(I) all: 1.461 / % possible all: 99.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BV0

3bv0

解像度: 1.869→29.85 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2061	3525	4.96 %	Random
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.1661	71071	99.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.869→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6285	0	64	444	6793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.058	8936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.072	3812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8689-1.8945	0.323	154	0.2756	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8945-1.9216	0.2905	140	0.2419	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9503	0.2901	161	0.2271	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9503-1.9807	0.2482	147	0.2277	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9807-2.0132	0.2497	149	0.2148	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0132-2.0479	0.2541	130	0.2162	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0479-2.0851	0.2257	139	0.2088	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0851-2.1252	0.2433	144	0.2019	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1252-2.1686	0.2318	138	0.1848	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1686-2.2157	0.2375	140	0.181	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2157-2.2673	0.2354	113	0.1675	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2673-2.3239	0.2127	140	0.1671	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3239-2.3868	0.1938	130	0.1589	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3868-2.457	0.1854	139	0.155	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.457-2.5362	0.1994	135	0.1563	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5362-2.6268	0.2072	144	0.1621	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6268-2.7319	0.2048	128	0.1641	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7319-2.8562	0.2146	140	0.1717	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8562-3.0066	0.233	132	0.1799	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0066-3.1948	0.2333	125	0.1765	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1948-3.4411	0.2212	145	0.1632	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4411-3.7868	0.1813	155	0.1508	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7868-4.3334	0.164	145	0.1258	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3334-5.4542	0.1636	127	0.1289	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4542-29.9721	0.2059	185	0.1715	2885	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2413	0.4512	1.033	4.4162	1.7627	1.0334	-0.1046	0.2811	-0.3129	-0.2176	0.0544	-0.2704	0.04	0.3219	0.0688	0.234	0.0088	0.0595	0.3592	0.0675	0.284	-8.0449	-4.83	-26.4449
2	0.9623	0.0119	0.3057	1.2296	-0.8987	1.4175	-0.0414	0.0568	0.0893	0.0581	-0.0185	-0.0077	-0.0876	0.087	0.0546	0.2733	0.0013	-0.0039	0.2584	0.0081	0.2899	-29.2309	15.0203	-25.6769
3	2.5822	-0.0008	-0.6574	0.8099	-0.3867	1.6151	0.0685	0.1457	0.1281	0.029	-0.1288	-0.1211	-0.0879	0.2655	0.0711	0.2562	-0.0218	-0.0424	0.3091	0.0329	0.259	-12.5338	12.0128	-24.8884
4	1.5413	-0.0461	-1.1599	2.0553	-0.1324	1.6648	0.0314	-0.2427	-0.0238	0.1843	0.0193	0.2095	-0.129	-0.0972	-0.0553	0.3022	0.012	-0.0065	0.3729	0.0321	0.2591	-35.0256	-4.2954	-6.2154
5	1.1739	0.3015	0.1664	0.9521	0.0211	1.0102	-0.0111	0.0343	-0.1526	-0.0506	-0.0116	0.0105	0.0759	-0.0781	0.0214	0.279	0.0185	0.0171	0.2575	-0.0181	0.2673	-34.8691	-13.4152	-34.4626
6	2.0331	-0.0392	-0.4751	1.073	-0.0822	1.326	-0.0315	-0.0256	-0.18	0.0198	0.0064	0.1121	0.0653	-0.1684	0.0327	0.2494	0.0062	-0.0073	0.2299	0.0456	0.2349	-42.3143	-16.5343	-14.2195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 434 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 87 through 307 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 308 through 434 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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