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Yorodumi- PDB-6fnr: Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fnr | ||||||
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Title | Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with chlorohistidine | ||||||
Components | Histidine N-alpha-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ergothioneine / methyltransferase / inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Vit, A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Inhibition and Regulation of the Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD. Authors: Misson, L. / Burn, R. / Vit, A. / Hildesheim, J. / Beliaeva, M.A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fnr.cif.gz | 372 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fnr.ent.gz | 308.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fnr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6fnr_validation.pdf.gz | 463.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6fnr_full_validation.pdf.gz | 464.4 KB | Display | |
Data in XML | 6fnr_validation.xml.gz | 28.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6fnr_validation.cif.gz | 43.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fnr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fnqC 6fnsC 6fntC 4pimS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 35282.695 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: EgtD Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Gene: egtD, ERS451418_06055 / Plasmid: pET19m / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A0D6J225, UniProt: A0R5M8*PLUS, L-histidine Nalpha-methyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 531 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 18% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M Mg-Acetate, 0.08 M Na-Cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KMC-1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→49.34 Å / Num. obs: 71952 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 16.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDBID 4PIM Resolution: 1.83→41.806 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.44 / Details: FOURIER SYNTHESIS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.43 Å2 / Biso mean: 30.5125 Å2 / Biso min: 14.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.83→41.806 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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