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- PDB-6fic: Bivalent Inhibitor UNC4512 Bound to the TAF1 Bromodomain Tandem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fic
タイトルBivalent Inhibitor UNC4512 Bound to the TAF1 Bromodomain Tandem
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードGENE REGULATION / Bromodomain Histone binding Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / midbrain development / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity ...negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / midbrain development / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / peptidyl-threonine phosphorylation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of protein binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DKH / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Mathea, S. / Suh, J.L. / Salah, E. / Tallant, C. / Siejka, P. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Mathea, S. / Suh, J.L. / Salah, E. / Tallant, C. / Siejka, P. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / James, L.I. / Frye, S.V. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bivalent Inhibitor UNC4512 Bound to the TAF1 Bromodomain Tandem
著者: Mathea, S. / Suh, J.L. / Salah, E. / Tallant, C. / Siejka, P. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / James, L.I. / Frye, S.V. / Knapp, S.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2403
ポリマ－32,7061
非ポリマー3,5342
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.573, 113.573, 72.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11T-1801-

HOH

21T-1871-

HOH

31T-1876-

HOH

41T-1881-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250


分子量: 32706.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DKH / 3-azanyl-2-[3-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[3-azanyl-1-[[2-[[3-methyl-6-[4-methyl-3-(methylsulfonyl-$l^{2}-azanyl)cyclohexa-1,3,5-trien-1-yl]-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl]-$l^{2}-azanyl]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanoylamino]-~{N}-[3-[[3-methyl-6-[4-methyl-3-(methylsulfonylamino)phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl]amino]-3-oxidanylidene-propyl]propanamide


分子量: 1766.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C76H105N18O27S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 4.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→98.36 Å / Num. obs: 28664 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.01099 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.18→2.21 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1409 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EQF

1eqf


解像度: 2.18→98.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.218 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23595 1410 4.9 %RANDOM
Rwork0.20148 ---
obs0.20319 27236 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20.09 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.18→98.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 59 93 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0192074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.9482827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06134352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.285244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49925.05395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51515357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7241510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4793.974983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4783.974984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4385.9361224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.445.9371224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4964.3581091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4944.3581092
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3916.3681604
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.26247.3152366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.25947.2832358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.176→2.233 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 103 -
Rwork0.241 1985 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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