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- PDB-6f7l: Crystal structure of LkcE R326Q mutant in complex with its substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f7l
タイトルCrystal structure of LkcE R326Q mutant in complex with its substrate
要素Amine oxidase LkcE
キーワードFLAVOPROTEIN / Amine oxydase / cyclase / Post-PKS enzyme / tayloring enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-CWH / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Amine oxidase LkcE
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rochei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dorival, J. / Risser, F. / Jacob, C. / Collin, S. / Drager, G. / Kirschning, A. / Paris, C. / Chagot, B. / Gruez, A. / Weissman, K.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyPKS-PPIs / AAP JCJC SVS3 8 2011 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Insights into a dual function amide oxidase/macrocyclase from lankacidin biosynthesis.
著者: Dorival, J. / Risser, F. / Jacob, C. / Collin, S. / Drager, G. / Paris, C. / Chagot, B. / Kirschning, A. / Gruez, A. / Weissman, K.J.
履歴
登録2017年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase LkcE
B: Amine oxidase LkcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,18119
ポリマ－98,6372
非ポリマー3,54417
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area31480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.554, 125.554, 156.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

CA

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 438 / Label seq-ID: 8 - 442

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amine oxidase LkcE


分子量: 49318.254 Da / 分子数: 2 / 変異: R326Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア)
遺伝子: lkcE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83X90

-
非ポリマー , 6種, 247分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CWH / [(2~{S},5~{R},8~{S},11~{S})-1-[(2~{R},3~{R},5~{R},6~{S})-3,5-dimethyl-6-oxidanyl-4-oxidanylidene-oxan-2-yl]-5,11-dimeth yl-8-oxidanyl-13-[[(2~{S})-2-oxidanylpropanoyl]amino]tridecan-2-yl] ethanoate / LC-KA05


分子量: 515.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H49NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 8000, 160 mM calcium acetate, 100 mM Bis Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.99 Å / Num. obs: 43788 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.406 % / Biso Wilson estimate: 63.373 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 20.24 / Num. measured all: 192929
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.64.4030.6352.4247630.7510.7299.4
2.6-2.74.5420.4493.541240.8630.50999.9
2.7-34.4420.2236.592890.9660.25299.6
3-44.4620.05621.14145950.9980.06499.7
4-64.3470.02842.7176230.9990.03299.4
6-104.1250.02447.2226200.9990.02799.5
10-203.7860.0255.396780.9990.02398.8
20-48.993.4270.02449.26960.9970.0383.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F32

6f32


解像度: 2.5→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.426 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.259
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 2191 5 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.2075 41613 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.75 Å2 / Biso mean: 61.342 Å2 / Biso min: 29.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.81 Å2-0 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6782 0 235 230 7247
Biso mean--62.82 58.16 -
残基数----859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.026633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.9779757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4793.00515247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5565855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.92423.563348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.035151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4231550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021723
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 49524 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 156 -
Rwork0.362 2958 -
all-3114 -
obs--97.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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