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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f71 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of glutathione transferase Omega 6S from Trametes versicolor in complex with naringenin | |||||||||
![]() | glutathione transferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutathione / fungi / polyphenols / wood decayers | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition of wood polyphenols by phase II detoxification enzymes of the white rot Trametes versicolor. 著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Aubert, E. / Dumarcay, S. / Favier, F. / Gerardin, P. / Morel-Rouhier, M. / Mulliert, G. / Saiag, F. / Didierjean, C. / Gelhaye, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 363.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 301.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6f43C ![]() 6f4bC ![]() 6f4fC ![]() 6f4kC ![]() 6f51C ![]() 6f66C ![]() 6f67C ![]() 6f68C ![]() 6f69C ![]() 6f6aC ![]() 6f70SC ![]() 6ht6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27816.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CWE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25 % PEG 1500, 0.1 M MMT pH 6.5 buffer (containing DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2, respectively) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9799 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→49.35 Å / Num. obs: 46447 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.599 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6F70 解像度: 2.301→45.872 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.301→45.872 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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