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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f69 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of glutathione transferase Omega 3S from Trametes versicolor in complex with 2,3,4-Trihydroxybenzophenone | |||||||||
要素 | glutathione transferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Glutathione / fungi / polyphenols / wood decayers | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutathione transferase / glutathione transferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trametes versicolor (カワラタケ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å | |||||||||
データ登録者 | Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Molecular recognition of wood polyphenols by phase II detoxification enzymes of the white rot Trametes versicolor. 著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Aubert, E. / Dumarcay, S. / Favier, F. / Gerardin, P. / Morel-Rouhier, M. / Mulliert, G. / Saiag, F. / Didierjean, C. / Gelhaye, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f69.cif.gz | 191 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f69.ent.gz | 154.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f69.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f69_validation.pdf.gz | 952 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f69_full_validation.pdf.gz | 953.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6f69_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f69_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f69 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6f43SC 6f4bC 6f4fC 6f4kC 6f51C 6f66C 6f67C 6f68C 6f6aC 6f70C 6f71C 6ht6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27526.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trametes versicolor (カワラタケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E145*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 30 % PEG 400 0.2 M calcium acetate 0.1 M acetate buffer, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47.62 Å / Num. obs: 49835 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6F43 解像度: 1.803→47.615 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.803→47.615 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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