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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f67 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of glutathione transferase Omega 3S from Trametes versicolor in complex with 3,4-Dihydroxybenzophenone | |||||||||
![]() | glutathione transferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutathione / fungi / polyphenols / wood decayers | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / L-ascorbic acid metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition of wood polyphenols by phase II detoxification enzymes of the white rot Trametes versicolor. 著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Aubert, E. / Dumarcay, S. / Favier, F. / Gerardin, P. / Morel-Rouhier, M. / Mulliert, G. / Saiag, F. / Didierjean, C. / Gelhaye, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6f43SC ![]() 6f4bC ![]() 6f4fC ![]() 6f4kC ![]() 6f51C ![]() 6f66C ![]() 6f68C ![]() 6f69C ![]() 6f6aC ![]() 6f70C ![]() 6f71C ![]() 6ht6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27526.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 30 % PEG 400 0.2 M calcium acetate 0.1 M acetate buffer, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.398→47.23 Å / Num. obs: 22688 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 1536 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6F43 解像度: 2.398→47.227 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.85
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.398→47.227 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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