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- PDB-6ezo: Eukaryotic initiation factor EIF2B in complex with ISRIB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezo
タイトルEukaryotic initiation factor EIF2B in complex with ISRIB
要素
  • (Translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 4
  • Human eukaryotic initiation factor EIF2B epsilon subunits
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GEF / Complex / ISRIB
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / 髄鞘 / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / hippocampus development / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C7B / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Homo Sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Faille, A. / Weis, F. / Zyryanova, A. / Warren, A.J. / Ron, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT200848/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)RG67621 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Binding of ISRIB reveals a regulatory site in the nucleotide exchange factor eIF2B.
著者: Alisa F Zyryanova / Félix Weis / Alexandre Faille / Akeel Abo Alard / Ana Crespillo-Casado / Yusuke Sekine / Heather P Harding / Felicity Allen / Leopold Parts / Christophe Fromont / Peter M ...著者: Alisa F Zyryanova / Félix Weis / Alexandre Faille / Akeel Abo Alard / Ana Crespillo-Casado / Yusuke Sekine / Heather P Harding / Felicity Allen / Leopold Parts / Christophe Fromont / Peter M Fischer / Alan J Warren / David Ron /
要旨: The integrated stress response (ISR) is a conserved translational and transcriptional program affecting metabolism, memory, and immunity. The ISR is mediated by stress-induced phosphorylation of ...The integrated stress response (ISR) is a conserved translational and transcriptional program affecting metabolism, memory, and immunity. The ISR is mediated by stress-induced phosphorylation of eukaryotic translation initiation factor 2α (eIF2α) that attenuates the guanine nucleotide exchange factor eIF2B. A chemical inhibitor of the ISR, ISRIB, reverses the attenuation of eIF2B by phosphorylated eIF2α, protecting mice from neurodegeneration and traumatic brain injury. We describe a 4.1-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of human eIF2B with an ISRIB molecule bound at the interface between the β and δ regulatory subunits. Mutagenesis of residues lining this pocket altered the hierarchical cellular response to ISRIB analogs in vivo and ISRIB binding in vitro. Our findings point to a site in eIF2B that can be exploited by ISRIB to regulate translation.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.42019年12月11日Group: Other / Structure summary / カテゴリ: atom_sites / chem_comp
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4162
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
I: Human eukaryotic initiation factor EIF2B epsilon subunits
J: Human eukaryotic initiation factor EIF2B epsilon subunits
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)528,29811
ポリマ－527,84710
非ポリマー4511
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area19070 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area171760 Å2
手法PISA

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要素

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Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 4種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 33754.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q14232
#2: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / S20I15 / S20III15 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 41758.242 Da / 分子数: 2
Mutation: 3xFLAG inserted at position +4 of the protein sequence
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: cervix / 細胞株: epithelial / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / プラスミド: HeLa-2C2 / 細胞株 (発現宿主): HeLa / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49770
#3: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q9NR50
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q9UI10

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 IJ

#5: タンパク質 Human eukaryotic initiation factor EIF2B epsilon subunits


分子量: 80466.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo Sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q13144
#6: 化合物 ChemComp-C7B / 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide / ISRIB / N-[4α-[[(4-クロロフェノキシ)アセチル]アミノ]シクロヘキサン-1β-イル]-2-(4-クロロフェニルオキシ(以下略) / ISRIB


分子量: 451.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24Cl2N2O4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Eukaryotic initiation factor EIF2B in complex with ISRIBCOMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
3ISRIBCOMPLEX#21RECOMBINANT
2Eukaryotic translation initiation factor EIF2BCOMPLEX#1, #3-#51NATURAL
分子量値: 0.521 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HeLa-2C2
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2.65 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 80000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 765
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9REFMACモデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 237486
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41750 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 4.1→420 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.847 / SU B: 21.345 / SU ML: 0.262 / ESU R: 0.15
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.39443 --
obs0.39443 2251317 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 71.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3 Å2-1.35 Å20.03 Å2
2--16.47 Å2-0.1 Å2
3----7.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 18676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01918957
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3481.94126336
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.88253339
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg36.25120.094213
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.04615612
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg10.2221520
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0840.23344
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.02115266
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.94210.33413432
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it7.36215.48516743
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.6359.1945525
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined17.13664322
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.1→4.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.626 167076 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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