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万見
- PDB-6exs: Crystal structure of a POT family transporter in complex with thi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6exs
タイトルCrystal structure of a POT family transporter in complex with thioalcohol conjugated peptide.
要素Peptide ABC transporter permease
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Major Facilitator Superfamily / POT transporter / conjugated peptide ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / MFS general substrate transporter like domains / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C3H / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Peptide ABC transporter permease / Peptide ABC transporter permease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus hominis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Minhas, G.S. / Newstead, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis of malodour precursor transport in the human axilla.
著者: Minhas, G.S. / Bawdon, D. / Herman, R. / Rudden, M. / Stone, A.P. / James, A.G. / Thomas, G.H. / Newstead, S.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide ABC transporter permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,74915
ポリマ－53,8221
非ポリマー4,92714
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.040, 55.576, 100.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peptide ABC transporter permease


分子量: 53821.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus hominis (バクテリア)
遺伝子: BL313_09825 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A1L8Y4Q3, UniProt: A0A657M1C3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-C3H / 2-[[(2~{R})-2-azanyl-3-[(3~{S})-3-methyl-1-oxidanyl-hexan-3-yl]sulfanyl-propanoyl]amino]ethanoic acid


分子量: 292.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 26-27% (v/v) PEG 200, 220 mM (NH4)2HPO4, and 110 mM sodium citrate (pH 5.0). Ligand: 5mM CG-3M3SH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872899 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.29 Å / Num. obs: 25401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 54.38 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.4-2.492.05826230.4120.8512.2399.8
8.98-48.290.0385220.9990.0160.04199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D2B

4d2b


解像度: 2.5→48.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.435 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.411 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.251
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1137 5.07 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 22408 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5837 Å20 Å2-0.0973 Å2
2--1.257 Å20 Å2
3----3.8407 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→48.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3790 0 227 76 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.045513HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1473SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes590HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4104HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion541SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5015SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 151 5.12 %
Rwork0.21 2799 -
all0.212 2950 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3461-0.16970.23410.9490.25081.2932-0.04570.09710.039-0.18850.08160.0363-0.14740.0351-0.0359-0.2562-0.0304-0.00550.04010.0101-0.155519.80382.869626.6288
20.75930.48820.58860.1788-0.2630.5571-0.0082-0.00370.0001-0.02980.0190.0073-0.0107-0.012-0.01080.0057-0.03590.0495-0.0198-0.0535-0.101123.69480.045631.7668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|501-513}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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