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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ef6 | ||||||
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タイトル | Structure of the microcompartment-associated aminopropanol kinase | ||||||
要素 | Aminoglycoside phosphotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / aminopropanol kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018 タイトル: Structural and kinetic characterization of (S)-1-amino-2-propanol kinase from the aminoacetone utilization microcompartment ofMycobacterium smegmatis. 著者: Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ef6.cif.gz | 206.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ef6.ent.gz | 166.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ef6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ef6_validation.pdf.gz | 471.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ef6_full_validation.pdf.gz | 474.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ef6_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ef6_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6ef6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6ef6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39851.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0270 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP47 |
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-非ポリマー , 5種, 236分子
#2: 化合物 | ChemComp-BEZ / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-JFN / ( | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7, 0.5% (v/v) Jeffamine E.D. 2001, 30 mg/ml protein, serial seeding with 1/1000 diluted crushed crystals |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 65639 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 5.8 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 4820 / CC1/2: 0.747 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→39.828 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.42
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.828 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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