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- PDB-6ee3: X-ray crystal structure of Pf-M1 in complex with inhibitor (6k) a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ee3 | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of Pf-M1 in complex with inhibitor (6k) and catalytic zinc ion | |||||||||
![]() | M1 family aminopeptidase | |||||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / M1 ALANYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | ![]() symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane ...symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Drinkwater, N. / McGowan, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Hydroxamic Acid Inhibitors Provide Cross-Species Inhibition of Plasmodium M1 and M17 Aminopeptidases. Authors: Vinh, N.B. / Drinkwater, N. / Malcolm, T.R. / Kassiou, M. / Lucantoni, L. / Grin, P.M. / Butler, G.S. / Duffy, S. / Overall, C.M. / Avery, V.M. / Scammells, P.J. / McGowan, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 431.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 344.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ea1C ![]() 6ea2C ![]() 6eaaC ![]() 6eabC ![]() 6ee2C ![]() 6ee4C ![]() 6ee6C ![]() 6eedC ![]() 6eeeC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 103631.609 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 196 to 1084 / Mutation: N213Q, N223Q, H378P, N501Q, N745Q, N795Q, N1069Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: isolate FcB1 / Columbia / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O96935, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases |
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-Non-polymers , 6 types, 1288 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/J4V.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/J4V.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-J4V / ( | ||||
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||||
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.99 % / Mosaicity: 0.34 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 22% (v/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.82→54.3 Å / Num. obs: 87047 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 637254 / Scaling rejects: 611 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.82→46.401 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.2 Å2 / Biso mean: 16.9036 Å2 / Biso min: 5.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.82→46.401 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 92.7083 Å / Origin y: 112.8746 Å / Origin z: 10.5153 Å
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Refinement TLS group |
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