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万見
- PDB-6eb3: Structural and enzymatic characterization of an esterase from a m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eb3
タイトルStructural and enzymatic characterization of an esterase from a metagenomic library
要素Est1
キーワードHYDROLASE / apha-beta hydrolase / esterase / metagenomic
機能・相同性GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / 2-hydroxypropane-1,3-diyl dibutanoate / 1,3-dihydroxypropan-2-yl butanoate / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Guzzo, C.R. / Carvalho, C.F. / Teixeira, R.D. / Farah, C.S.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/084147 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/18664-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)403965/2016-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)303677/2017-1 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional and Structural characterisation of an Esterase from Amazonian Dark Soil
著者: Guzzo, C.R. / Maciel, N.K. / Barbosa, A.S. / Farah, C.S.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Est1
B: Est1
C: Est1
D: Est1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,00620
ポリマ－117,3724
非ポリマー1,63516
水7,044391
1
A: Est1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7815
ポリマ－29,3431
非ポリマー4384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Est1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7324
ポリマ－29,3431
非ポリマー3893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Est1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7626
ポリマ－29,3431
非ポリマー4195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Est1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7305
ポリマ－29,3431
非ポリマー3874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.650, 105.950, 145.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 268 / Label seq-ID: 1 - 268

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Est1


分子量: 29342.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) metagenome (メタゲノム)

-
非ポリマー , 8種, 407分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-J3J / 1,3-dihydroxypropan-2-yl butanoate / β-モノブチリン


分子量: 162.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-J3G / 2-hydroxypropane-1,3-diyl dibutanoate / 1-O,3-O-ジブチリルグリセロ-ル


分子量: 232.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20O5
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Bis-Tris, pH 6.5, 0.1 M NaCl, 1.3 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 50655 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.77 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rpim(I) all: 0.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XUA

2xua


解像度: 2.35→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 15.418 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2268 4.9 %RANDOM
Rwork0.19295 ---
obs0.1949 44300 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8189 0 100 391 8680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5491.9811666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.983319006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.72151085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19123.631358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.867151423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2781553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6043.514287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6033.514286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6215.2565355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6215.2565356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9843.8714306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9783.8664303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2875.6676294
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.00241.6039197
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.97241.4999142
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A162480.1
12B162480.1
21A163960.09
22C163960.09
31A163000.1
32D163000.1
41B163720.09
42C163720.09
51B168420.09
52D168420.09
61C163840.08
62D163840.08
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 167 -
Rwork0.263 3227 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81090.0848-0.47470.1952-0.49942.224-0.0840.08740.06310.0060.1563-0.0365-0.1254-0.3563-0.07230.0365-0.00210.0140.1076-0.0280.041654.239558.802982.5095
20.0342-0.1099-0.00780.9139-0.84281.71350.0195-0.0271-0.04040.07740.12360.1938-0.14640.026-0.14310.03210.00960.00610.04340.03680.079814.83570.801136.6948
30.6570.15990.22360.07440.13170.83780.04820.00940.0896-0.00850.01960.02250.0397-0.0011-0.06790.0263-0.01250.0080.0090.00640.070825.108190.956499.4285
40.528-0.01310.08130.4104-0.03960.3627-0.05220.010.01780.01410.04650.03330.03080.00750.00570.0354-0.0031-0.00690.016-0.01530.052416.186353.7451101.2803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 268
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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