+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e7w | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 | |||||||||
要素 | (Glutamate receptor ionotropic, NMDA ...) x 2 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / NMDA Receptor / Ion channel / Allosteric modulation / Extracellular domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / sensory organ development / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / response to hydrogen sulfide ...neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / sensory organ development / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / response to hydrogen sulfide / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / regulation of protein kinase A signaling / apical dendrite / dendritic branch / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / response to other organism / regulation of ARF protein signal transduction / response to methylmercury / fear response / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cellular response to dsRNA / response to carbohydrate / negative regulation of dendritic spine maintenance / interleukin-1 receptor binding / cellular response to lipid / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / positive regulation of glutamate secretion / response to growth hormone / NMDA glutamate receptor activity / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / parallel fiber to Purkinje cell synapse / NMDA selective glutamate receptor complex / response to manganese ion / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / protein heterotetramerization / glycine binding / response to zinc ion / heterocyclic compound binding / receptor clustering / suckling behavior / behavioral response to pain / startle response / response to amine / small molecule binding / action potential / : / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic cation transport / associative learning / regulation of MAPK cascade / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / response to magnesium ion / cellular response to organic cyclic compound / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / regulation of postsynaptic membrane potential / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / behavioral fear response / neuron development / postsynaptic density, intracellular component / cellular response to manganese ion / glutamate receptor binding / multicellular organismal response to stress / long-term memory / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / D2 dopamine receptor binding / monoatomic cation channel activity / response to electrical stimulus / synaptic cleft / response to mechanical stimulus / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to forskolin / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / response to amphetamine / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / protein tyrosine kinase binding / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / response to cytokine / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to cocaine / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / long-term synaptic potentiation / cellular response to amino acid stimulus / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / response to nicotine 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Regan, M.C. / Furukawa, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural elements of a pH-sensitive inhibitor binding site in NMDA receptors 著者: Regan, M.C. / Furukawa, H. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e7w.cif.gz | 575.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6e7w.ent.gz | 473.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e7w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e7w_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6e7w_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6e7w_validation.xml.gz | 56.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e7w_validation.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
NCS oper:
|
-要素
-Glutamate receptor ionotropic, NMDA ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 43162.270 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular residues 23-407 / 変異: N61Q, N371Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: grin1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A1L8F5J9 #2: タンパク質 | 分子量: 41280.820 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular residues 32-394 / 変異: N348D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2b / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00960 |
---|
-糖 , 2種, 9分子
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 247分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.67→35 Å / Num. obs: 53487 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 121935 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QEL 解像度: 2.67→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 25.903 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.346 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.5 Å2 / Biso mean: 49.166 Å2 / Biso min: 14.77 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.67→25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.658→2.726 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|