PDB-6e6i: Crystal structure of 4-methyl HOPDA bound to LigY from Sphingobiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e6i

タイトル

Crystal structure of 4-methyl HOPDA bound to LigY from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

キーワード

HYDROLASE / C-C hydrolase / amidohydrolase superfamily / meta-cleavage / aromatic compound

機能・相同性

2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / carboxy-lyase activity / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / hydrolase activity / Chem-HVS / 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kuatsjah, E. / Chan, A.C. / Hurst, T.E. / Snieckus, V. / Murphy, M.E. / Eltis, L.D.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Metal- and Serine-Dependent Meta-Cleavage Product Hydrolases Utilize Similar Nucleophile-Activation Strategies
著者: Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Hurst, T.E. / Snieckus, V. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2018年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6e6i.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vn5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vn5-1 6hu2-d 5c2i-d 6gxa-d 2ftp-2 6hsz-d 6hsg-d 6gxu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

D: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

E: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

F: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

G: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

H: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

I: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

339 kDa, 9 ポリマー
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1

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

F: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

G: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

F: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

G: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 6 ポリマー
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2

B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

D: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

E: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

H: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

I: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	180.645, 195.099, 179.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-563- HOH

#1: タンパク質	2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase / LigY 分子量: 37324.418 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligY, SLG_07750 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G2IN02
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-HVS / (1Z,3E)-5-carboxy-3-methyl-5-oxo-1-phenylpenta-1,3-dien-1-olate 分子量: 231.224 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M lithium sulfate, 24% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97896 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月15日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97896 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→38.14 Å / Num. obs: 122972 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.38 % / B_iso Wilson estimate: 38.89 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 1.12 / Net I/σ(I): 7.84

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.47	3.065	0.694	1.51	13568	0.668	0.836	74.7
2.47-2.53	3.212	0.615	1.85	17032	0.739	0.74	95.6
2.53-2.61	3.586	0.502	2.39	17070	0.81	0.592	99.2
2.61-2.69	3.609	0.43	2.81	16602	0.851	0.506	99.1
2.69-2.78	3.581	0.358	3.38	15999	0.901	0.423	98.7
2.78-2.87	3.575	0.308	3.95	15527	0.928	0.363	98.9
2.87-2.98	3.553	0.255	4.79	14998	0.952	0.301	98.7
2.98-3.1	3.475	0.202	6.03	14432	0.967	0.238	99.1
3.1-3.24	3.243	0.162	7.17	13696	0.976	0.193	97.6
3.24-3.4	3.313	0.135	8.46	13040	0.985	0.16	97.8
3.4-3.58	3.451	0.105	11.03	12738	0.99	0.125	99.5
3.58-3.8	3.367	0.087	12.59	11923	0.993	0.103	99
3.8-4.06	3.27	0.074	13.99	11244	0.995	0.088	99
4.06-4.39	3.18	0.062	15.37	10402	0.995	0.074	98.8
4.39-4.81	2.937	0.053	15.49	9341	0.997	0.064	96
4.81-5.37	3.293	0.056	15.84	8711	0.997	0.067	98.8
5.37-6.21	3.444	0.058	15.06	7724	0.997	0.069	99.5
6.21-7.6	3.394	0.054	14.76	6542	0.997	0.064	99.3
7.6-10.75	3.116	0.039	17.78	4944	0.998	0.047	96.6
10.75-38.14	3.581	0.033	19.25	2782	0.999	0.038	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5VN5

5vn5

解像度: 2.4→38.14 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	2003	1.63 %
R_work	0.1827	-	-
obs	0.1833	122813	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.27 Å² / B_iso mean: 51.6619 Å² / B_iso min: 22.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→38.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23579	0	252	630	24461
B_iso mean	-	-	57.65	43.36	-
残基数	-	-	-	-	2985

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.289	132	0.2537	8342	8474	97
2.46-2.5265	0.2966	134	0.2468	8505	8639	99
2.5265-2.6009	0.2448	151	0.2266	8579	8730	100
2.6009-2.6848	0.3397	143	0.2251	8580	8723	100
2.6848-2.7807	0.2529	143	0.2189	8583	8726	100
2.7807-2.892	0.2672	137	0.2231	8615	8752	100
2.892-3.0236	0.2596	150	0.2252	8633	8783	100
3.0236-3.1829	0.2398	142	0.2056	8625	8767	100
3.1829-3.3822	0.2547	143	0.2035	8640	8783	100
3.3822-3.6432	0.1983	136	0.1792	8681	8817	100
3.6432-4.0094	0.1948	146	0.1579	8697	8843	100
4.0094-4.5888	0.1657	148	0.1351	8718	8866	100
4.5888-5.7782	0.1763	149	0.1421	8762	8911	100
5.7782-38.145	0.2095	149	0.1736	8850	8999	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0438	0.0254	-0.5216	5.9464	-0.2495	0.8917	0.0144	-0.1104	0.0606	0.3376	-0.0701	0.3845	0.2472	-0.122	0.0516	0.4929	0.0004	-0.0304	0.3853	0.0124	0.2506	-2.6622	86.52	-18.3046
2	1.192	-0.1262	0.1793	1.5338	0.3278	2.769	-0.0016	0.0207	0.0245	-0.0167	-0.0284	-0.1616	0.3043	0.1555	0.0333	0.3322	0.0182	-0.001	0.2984	0.0141	0.2792	9.6984	89.1908	-29.6386
3	3.8999	0.2321	1.0716	2.3008	1.699	3.5528	0.126	0.329	-0.0662	-0.0838	-0.0413	-0.2343	0.7545	0.2795	0.011	0.6349	0.1411	0.0414	0.3213	0.0097	0.3272	9.2877	74.4876	-44.4543
4	3.3609	0.7006	-0.3366	3.057	0.0543	0.6728	-0.0907	0.0614	-0.42	-0.324	-0.0341	-0.209	0.6783	-0.0008	0.1061	0.7461	0.0078	0.0501	0.3724	0.0921	0.3518	3.3626	67.7572	-28.6619
5	0.8324	0.7752	0.0275	8.3181	0.109	1.9901	-0.1159	0.142	0.1183	-0.4492	0.0792	-0.4555	-0.088	0.0262	0.0341	0.2226	-0.0423	-0.0014	0.273	0.0161	0.2612	65.4355	89.7656	-73.698
6	1.6291	-0.0075	-0.2646	1.1141	0.2304	2.0303	-0.0873	-0.1065	0.1811	0.0513	0.0206	0.0998	0.0179	-0.1895	0.0751	0.2345	-0.0048	-0.013	0.2932	-0.0112	0.2667	53.6994	88.275	-61.8028
7	2.7133	1.1563	-1.0842	2.4451	-0.1992	5.1062	-0.0498	-0.1955	-0.0532	0.3653	0.0003	0.0905	0.5378	-0.349	0.11	0.3939	0.0012	0.0115	0.3144	0.0375	0.251	54.7658	74.3873	-49.3279
8	5.9838	-0.5071	-1.0009	7.8233	-0.9875	1.9418	-0.1164	-0.2548	-0.728	-0.1603	0.0221	0.0003	0.5186	-0.0931	0.0375	0.433	-0.0406	0.0555	0.24	-0.0494	0.146	57.3702	66.3838	-62.0498
9	1.2606	-0.7401	-0.4367	2.5789	-0.3827	0.8533	-0.1636	-0.1555	0.2032	0.9015	0.1666	0.0382	0.4978	0.3288	-0.0125	0.6537	0.1799	-0.1248	0.5563	-0.0699	0.327	59.1524	93.7519	-17.5088
10	0.7975	0.3275	-0.268	1.677	0.1635	2.6844	-0.2853	-0.1522	-0.0027	0.7714	0.3086	0.0756	0.9094	0.1073	-0.0351	0.8467	0.2147	-0.025	0.5111	-0.0359	0.3596	56.5808	82.3799	-18.6501
11	0.7968	-0.3366	-0.8262	1.3875	0.8068	2.3896	-0.2593	-0.2759	0.3401	0.4419	0.3996	-0.4356	0.469	0.5211	-0.1	0.4669	0.1995	-0.1711	0.6202	-0.1505	0.3812	70.3439	89.8958	-29.3474
12	2.4239	-0.7088	1.3746	4.0143	1.4356	6.2485	0.0727	-0.1987	0.3907	0.0071	0.3958	-0.4759	0.3688	1.0785	-0.3486	0.4097	0.1622	-0.0288	0.5394	-0.1129	0.4178	74.5869	78.2566	-49.0882
13	0.0675	-0.4034	0.0276	2.1089	0.2617	3.5196	-0.3201	-0.1729	-0.1966	0.7207	0.231	-0.0978	1.2981	0.3685	-0.0298	0.867	0.2123	-0.0072	0.4465	0.0028	0.3493	64.1781	69.0985	-30.7786
14	3.0541	-1.8671	-1.0355	5.4809	1.6938	0.6177	-0.1248	-0.1487	-0.1372	0.3656	-0.0896	0.2417	0.3479	-0.0853	0.1264	0.4092	0.0119	-0.0288	0.4733	-0.0565	0.2708	43.3125	99.7491	-19.2166
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 82 )	A	1 - 82
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 332 )	A	273 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 54 )	B	1 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 55 through 225 )	B	55 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 226 through 291 )	B	226 - 291
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 292 through 332 )	B	292 - 332
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 37 )	C	1 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 38 through 82 )	C	38 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 83 through 225 )	C	83 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 226 through 252 )	C	226 - 252
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 253 through 332 )	C	253 - 332
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1 through 37 )	D	1 - 37
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 38 through 103 )	D	38 - 103
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 104 through 225 )	D	104 - 225
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 226 through 272 )	D	226 - 272
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 273 through 332 )	D	273 - 332
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 1 through 54 )	E	1 - 54
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 55 through 225 )	E	55 - 225
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 226 through 252 )	E	226 - 252
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 253 through 272 )	E	253 - 272
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 273 through 332 )	E	273 - 332
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 1 through 82 )	F	1 - 82
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 83 through 225 )	F	83 - 225
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 226 through 252 )	F	226 - 252
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 253 through 331 )	F	253 - 331
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 1 through 82 )	G	1 - 82
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 83 through 231 )	G	83 - 231
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 232 through 272 )	G	232 - 272
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 273 through 312 )	G	273 - 312
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 313 through 331 )	G	313 - 331
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 1 through 37 )	H	1 - 37
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 38 through 82 )	H	38 - 82
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 83 through 225 )	H	83 - 225
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 226 through 291 )	H	226 - 291
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 292 through 312 )	H	292 - 312
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 313 through 331 )	H	313 - 331
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resid 1 through 37 )	I	1 - 37
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 38 through 82 )	I	38 - 82
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'I' and (resid 83 through 121 )	I	83 - 121
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 122 through 171 )	I	122 - 171
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 172 through 189 )	I	172 - 189
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 190 through 225 )	I	190 - 225
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 226 through 252 )	I	226 - 252
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 253 through 291 )	I	253 - 291
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 292 through 332 )	I	292 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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