PDB-6dlx: FtsY-NG domain bound to fragment 3.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dlx

タイトル

FtsY-NG domain bound to fragment 3.

要素

Signal recognition particle receptor FtsY

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SRP / SR receptor / FtsY / FBDD

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Ataide, F.S. / Faoro, C.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Discovery of fragments that target key interactions in the signal recognition particle (SRP) as potential leads for a new class of antibiotics.
著者: Faoro, C. / Wilkinson-White, L. / Kwan, A.H. / Ataide, S.F.

履歴

登録	2018年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dlx.cif.gz	348.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dlx.ent.gz	292.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dlx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dlx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cqpSC 6cs8C 6cvdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nc1-d 6cvd-d 6n5j-d 6n5i-d 6n6n-d 6n9b-d 6cqp-d 6ks5-d 6nc4-d 6cs8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Signal recognition particle receptor FtsY

B: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.451, 76.020, 107.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor 分子量: 33101.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ftsY, BK409_14805 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1M2TDP9, UniProt: P10121*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GXY / 4-bromo-2,5-dimethoxyaniline 分子量: 232.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀BrNO₂
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化	温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 25% PEG 3350, 165 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.848→43.991 Å / Num. obs: 47444 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.028 / R_pim(I) all: 0.02828 / R_rim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.848→1.914 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CQP

6cqp

解像度: 1.848→43.991 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 7.52 / 位相誤差: 36.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2493	2331	4.95 %
R_work	0.2	-	-
obs	0.2051	47444	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→43.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4594	0	72	243	4909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.553	6360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.095	2882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8496-1.8874	0.3304	145	0.3273	2615	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8874-1.9284	0.3783	133	0.3226	2619	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9284-1.9732	0.3591	127	0.2854	2642	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9732-2.0225	0.288	151	0.2817	2646	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0225-2.0772	0.3364	102	0.2761	2623	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0772-2.1383	0.2743	140	0.2639	2691	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1383-2.2073	0.3193	116	0.2485	2607	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2073-2.2861	0.2543	138	0.2533	2666	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2861-2.3776	0.2879	128	0.2467	2632	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3776-2.4857	0.2918	138	0.2353	2669	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4857-2.6166	0.3038	132	0.2336	2673	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6166-2.7804	0.2979	114	0.2235	2660	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7804-2.9947	0.2423	154	0.2175	2646	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9947-3.2955	0.2489	158	0.1975	2634	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2955-3.7709	0.2245	162	0.1649	2663	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7709-4.7456	0.1902	114	0.1315	2698	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7456-24.9684	0.2275	179	0.1614	2689	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1483	0.0416	-0.0275	0.5491	0.0146	0.105	-0.0103	-0.0138	-0.0571	-0.1464	-0.0381	-0.0225	-0.027	-0.008	-0.09	0.4297	0.0023	-0.051	0.0328	0.0133	0.2335	47.8503	-11.25	38.7191
2	0.538	-0.4119	0.0089	1.3138	0.1503	0.0383	-0.0227	-0.0682	0.1203	0.2565	0.0226	0.0889	-0.0582	-0.0162	-0.0507	0.3624	0.0039	-0.0361	0.0664	-0.0089	0.2138	45.803	4.5508	43.4728
3	0.4323	0.073	-0.1357	1.0867	0.2696	0.1214	0.0096	-0.0067	-0.0442	-0.0216	-0.0168	-0.0573	0.0585	0.0133	-0.0055	0.3195	0.0103	-0.0534	0.0629	-0.0278	0.2151	48.4189	-13.3947	37.038
4	0.1032	-0.1931	0.0506	1.0188	-0.2142	0.2691	-0.0458	0.0179	0.1103	0.0441	-0.0123	0.1052	-0.1123	-0.0132	-0.0148	0.4606	0.0248	-0.0248	0.0902	0.0203	0.2855	24.7911	-10.819	11.36
5	0.2746	-0.0757	0.0417	0.6515	0.158	0.5413	0.0769	0.0141	-0.1124	-0.0368	-0.011	0.0189	-0.0276	0.0673	-0.0141	0.2966	0.0031	0.0063	0.0824	0.0003	0.2262	39.0253	-46.9089	18.7508
6	0.7025	0.0651	0.1834	1.4482	0.283	0.3442	-0.0304	0.0928	-0.0338	-0.3159	-0.0056	0.0982	0.0052	-0.012	0.0443	0.3389	-0.0098	-0.0133	0.056	0.0017	0.2678	29.7313	-50.0519	12.9324
7	0.4242	-0.3385	-0.0897	1.3244	-0.1056	0.0488	0.0133	0.0124	-0.0175	-0.0294	-0.0125	0.0557	-0.0796	0.0123	0.0252	0.3652	-0.0091	-0.011	0.0678	0.008	0.2204	31.5946	-29.1547	14.2792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 195 through 373 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 374 through 438 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 439 through 494 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 195 through 282 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 283 through 373 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 374 through 413 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 414 through 494 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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