+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dlj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 2-Nitro-phenyldiketoacid | ||||||
要素 | Malate synthase G | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE inhibitor / Acetyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / LYASE-LYASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / glyoxylate catabolic process / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / glyoxylate catabolic process / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.604 Å | ||||||
データ登録者 | Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J Chem Inf Model / 年: 2018 タイトル: Anion-pi Interactions in Computer-Aided Drug Design: Modeling the Inhibition of Malate Synthase by Phenyl-Diketo Acids. 著者: Ellenbarger, J.F. / Krieger, I.V. / Huang, H.L. / Gomez-Coca, S. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Wheeler, S.E. / Dunbar, K.R. #1: ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2012 タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase. 著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dlj.cif.gz | 150.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6dlj.ent.gz | 115.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dlj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dlj_validation.pdf.gz | 726.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6dlj_full_validation.pdf.gz | 733.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6dlj_validation.xml.gz | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dlj_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dlj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6apzC 6as6C 6asuC 6au9C 6axbC 6ba7C 6bu1C 6c2xC 6c6oC 6c7bC 6c8pC 6dkoC 6dl9C 6dnpC 1n8iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80488.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: glcB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045ITM4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GXM / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Tris-HCl, MgCl2 / PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.543 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.543 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21186 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 10.5 % / Num. unique obs: 756 / % possible all: 67.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N8I 解像度: 2.604→49.887 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.79
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.604→49.887 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|