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万見
- PDB-6d7x: Crystal Structure of Rat TRPV6*-Y466A- in complex with brominated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d7x
タイトルCrystal Structure of Rat TRPV6*-Y466A- in complex with brominated 2-Aminoethoxydiphenyl borate (2-APB-Br)
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
キーワードmembrane protein/inhibitor (生体膜) / Ion channels (イオンチャネル) / transporter (運搬体タンパク質) / calcium channel (カルシウムチャネル) / epithelial calcium channel / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / membrane protein-inhibitor complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone secretion / TRPチャネル / calcium-activated cation channel activity / calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion ...parathyroid hormone secretion / TRPチャネル / calcium-activated cation channel activity / calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Ankyrin repeats (many copies) / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Ankyrin repeats (many copies) / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DTB / 2-aminoethyl (4-bromophenyl)phenylborinate / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Singh, A.K. / Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R01CA206573-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural bases of TRP channel TRPV6 allosteric modulation by 2-APB.
著者: Appu K Singh / Kei Saotome / Luke L McGoldrick / Alexander I Sobolevsky /
要旨: Transient receptor potential (TRP) channels are involved in various physiological processes, including sensory transduction. The TRP channel TRPV6 mediates calcium uptake in epithelia and its ...Transient receptor potential (TRP) channels are involved in various physiological processes, including sensory transduction. The TRP channel TRPV6 mediates calcium uptake in epithelia and its expression is dramatically increased in numerous types of cancer. TRPV6 inhibitors suppress tumor growth, but the molecular mechanism of inhibition remains unknown. Here, we present crystal and cryo-EM structures of human and rat TRPV6 bound to 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB), a TRPV6 inhibitor and modulator of numerous TRP channels. 2-APB binds to TRPV6 in a pocket formed by the cytoplasmic half of the S1-S4 transmembrane helix bundle. Comparing human wild-type and high-affinity mutant Y467A structures, we show that 2-APB induces TRPV6 channel closure by modulating protein-lipid interactions. Mutagenesis and functional analyses suggest that the identified 2-APB binding site might be present in other members of vanilloid subfamily TRP channels. Our findings reveal a mechanism of ion channel allosteric modulation that can be exploited for therapeutic design.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6405
ポリマ－77,0411
非ポリマー5984
水0
1
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,55920
ポリマ－308,1664
非ポリマー2,39416
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area30870 Å2
ΔGint-298 kcal/mol
Surface area103870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.350, 144.350, 113.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

CA

21A-702-

CA

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要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / TrpV6 / Calcium transport protein 1 / CaT1 / Epithelial calcium channel 2 / ECaC2


分子量: 77041.398 Da / 分子数: 1 / 変異: Y466A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpv6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9R186
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-FYY / 2-aminoethyl (4-bromophenyl)phenylborinate


分子量: 303.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15BBrNO
#4: 化合物 ChemComp-DTB / 6-(5-METHYL-2-OXO-IMIDAZOLIDIN-4-YL)-HEXANOIC ACID / D-DESTHIOBIOTIN / デスチオビオチン


分子量: 214.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20-24% PEG 350 MME, 50 mM NaCl, and 50 mM Tris-HCl pH 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 25909 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 17 % / Net I/σ(I): 9.41
反射 シェル解像度: 3.6→3.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WO7

5wo7


解像度: 3.6→46.537 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3156 1307 5.04 %RANDOM
Rwork0.2822 ---
obs0.2839 25909 97.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→46.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4773 0 35 0 4808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6446675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3822915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6003-3.74440.42861450.39772757X-RAY DIFFRACTION99
3.7444-3.91480.39631470.36772781X-RAY DIFFRACTION99
3.9148-4.1210.39531460.33442748X-RAY DIFFRACTION99
4.121-4.37910.33761480.28432771X-RAY DIFFRACTION98
4.3791-4.71690.28851470.25722731X-RAY DIFFRACTION98
4.7169-5.1910.28171440.26532751X-RAY DIFFRACTION98
5.191-5.94080.35071460.27182712X-RAY DIFFRACTION97
5.9408-7.47980.27191410.28152696X-RAY DIFFRACTION96
7.4798-46.54130.27771430.25072655X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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