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- PDB-6d4u: M. thermoresistible GuaB2 delta-CBS in complex with inhibitor Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d4u
タイトルM. thermoresistible GuaB2 delta-CBS in complex with inhibitor Compound 27 (VCC663664)
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / Complex / Fragment / IMPDH / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWP / INOSINIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ascher, D.B. / Pacitto, A. / Blundell, T.L.
資金援助European Union, 英国, オーストラリア, 3件
組織認可番号国
European Union (EU)260872European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M026302/1 英国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1072476 オーストラリア
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Synthesis and Structure-Activity relationship of 1-(5-isoquinolinesulfonyl)piperazine analogues as inhibitors of Mycobacterium tuberculosis IMPDH.
著者: Singh, V. / Pacitto, A. / Donini, S. / Ferraris, D.M. / Boros, S. / Illyes, E. / Szokol, B. / Rizzi, M. / Blundell, T.L. / Ascher, D.B. / Pato, J. / Mizrahi, V.
履歴
登録2018年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6583
ポリマ－39,8541
非ポリマー8042
水5,747319
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,63312
ポリマ－159,4184
非ポリマー3,2158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area15950 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area42730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.721, 88.721, 84.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-819-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 39854.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
株: ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316
遺伝子: guaB, KEK_23061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CNL4, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-FWP / 2-(2,4-dimethoxyphenyl)-1-{4-[(isoquinolin-5-yl)sulfonyl]piperazin-1-yl}ethan-1-one


分子量: 455.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, calcium chloride, iso-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→61.21 Å / Num. obs: 36025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J5R

5j5r


解像度: 1.7→61.208 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 1783 4.95 %
Rwork0.1748 --
obs0.1761 36018 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→61.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2259 0 55 319 2633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1523244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.912814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7460.28621400.25372627X-RAY DIFFRACTION100
1.746-1.79730.23841650.22072607X-RAY DIFFRACTION100
1.7973-1.85540.24651490.20952615X-RAY DIFFRACTION100
1.8554-1.92170.23261620.19352577X-RAY DIFFRACTION100
1.9217-1.99860.27051320.19362619X-RAY DIFFRACTION100
1.9986-2.08960.22491040.18632658X-RAY DIFFRACTION100
2.0896-2.19980.21311420.17392610X-RAY DIFFRACTION100
2.1998-2.33760.19381690.16992608X-RAY DIFFRACTION100
2.3376-2.51810.20311250.16912666X-RAY DIFFRACTION100
2.5181-2.77150.20081230.1712637X-RAY DIFFRACTION100
2.7715-3.17250.19321190.16662651X-RAY DIFFRACTION100
3.1725-3.99690.17061200.15482670X-RAY DIFFRACTION100
3.9969-61.24780.17091330.16492690X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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