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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6csp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with cyclohexenylhydroxamate | ||||||
![]() | Hdac6 protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Zinc hydrolase / tubulin deacetylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / angiogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Porter, N.J. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Entropy as a Driver of Selectivity for Inhibitor Binding to Histone Deacetylase 6. 著者: Porter, N.J. / Wagner, F.F. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 446.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 367.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 940.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 944.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 952分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FBM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FBM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride 20% Peg 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月16日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.24→59.08 Å / Num. obs: 188513 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 7.27 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1156727 / Scaling rejects: 73 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.237→48.275 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.7 Å2 / Biso mean: 11.5608 Å2 / Biso min: 3.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.237→48.275 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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