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- PDB-6cbx: Crystal structure of human SET and MYND Domain Containing protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cbx
タイトルCrystal structure of human SET and MYND Domain Containing protein 2 with MTF1497
要素N-lysine methyltransferase SMYD2
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / SMYD2 MTF9975 inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / heart development / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EW1 / N-lysine methyltransferase SMYD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å
データ登録者ZENG, H. / DONG, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / TATLOCK, J. / KUMPF, R. / OWEN, A. / TAYLOR, A. / Casimiro-Garcia, A. / Bountra, C. ...ZENG, H. / DONG, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / TATLOCK, J. / KUMPF, R. / OWEN, A. / TAYLOR, A. / Casimiro-Garcia, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human SET and MYND Domain Containing protein 2 with MTF1497
著者: ZENG, H. / DONG, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / TATLOCK, J. / KUMPF, R. / OWEN, A. / TAYLOR, A. / Casimiro-Garcia, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, ...著者: ZENG, H. / DONG, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / TATLOCK, J. / KUMPF, R. / OWEN, A. / TAYLOR, A. / Casimiro-Garcia, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-lysine methyltransferase SMYD2
B: N-lysine methyltransferase SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,46526
ポリマ－99,7782
非ポリマー1,68724
水6,575365
1
A: N-lysine methyltransferase SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,73313
ポリマ－49,8891
非ポリマー84312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-lysine methyltransferase SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,73313
ポリマ－49,8891
非ポリマー84312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.020, 117.031, 64.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-lysine methyltransferase SMYD2 / HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain- ...HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain-containing protein 2


分子量: 49889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD2, KMT3C / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q9NRG4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 389分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EW1 / [3-(4-amino-6-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-1-yl)azetidin-1-yl][1-({1-[(1R)-cyclohept-2-en-1-yl]piperidin-4-yl}methyl )-1H-pyrrol-3-yl]methanone / MTF1497


分子量: 487.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H37N7O
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 % / Mosaicity: 0.685 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NH4SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 62638 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.539 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.94-1.9760.93831110.690.411.0260.43799.4
1.97-2.016.20.82331660.7760.3540.8980.43699.2
2.01-2.056.30.7330800.7970.3120.7950.43899.3
2.05-2.096.50.6131470.8680.2570.6630.44699.2
2.09-2.146.50.54631370.890.230.5940.44499.3
2.14-2.186.50.47731210.9020.2010.5190.44499
2.18-2.246.40.41331150.9260.1750.450.46498.5
2.24-2.35.80.35131000.930.1580.3860.45797.4
2.3-2.376.80.32831010.9620.1350.3550.46999.2
2.37-2.446.90.28431430.970.1160.3070.45699.3
2.44-2.536.80.24231490.9780.0990.2620.46599.5
2.53-2.636.90.20831360.9830.0850.2250.47799.5
2.63-2.756.80.16231460.990.0670.1760.48399
2.75-2.96.50.12131340.9930.0510.1320.50798.4
2.9-3.086.40.09230770.9950.0390.1010.52997.5
3.08-3.327.10.07531200.9970.030.0810.57999.2
3.32-3.6570.05631680.9980.0230.0610.6899.4
3.65-4.186.70.04531580.9990.0190.0490.64799
4.18-5.266.70.0431420.9980.0170.0430.96198.3
5.26-506.70.04331870.9990.0180.0460.90398.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.94→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.005 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.151
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 1208 1.9 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
obs0.1806 61405 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.9 Å2 / Biso mean: 31.655 Å2 / Biso min: 15.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-0.34 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6770 0 106 366 7242
Biso mean--24.96 34.04 -
残基数----861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.9649669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94315338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7385887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86324.206321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.513151224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3161537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021625
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.991 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 74 -
Rwork0.24 4421 -
all-4495 -
obs--96.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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