PDB-6c7q: BRD4 BD2 in complex with compound CE277

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c7q

タイトル

BRD4 BD2 in complex with compound CE277

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

transcription/transcription inhibitor / BROMODOMAIN / TRANSCRIPTION / transcription-transcription inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Discovery of CF53 as a Potent and Orally Bioavailable Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Bromodomain Inhibitor.
著者: Zhao, Y. / Zhou, B. / Bai, L. / Liu, L. / Yang, C.Y. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Wang, M. / Ran, X. / Aguilar, A. / Hu, Y. / Kampf, J.W. / Li, X. / ...

履歴

登録	2018年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c7q.cif.gz	63.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c7q.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c7q_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c7q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6c7q_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	6c7q_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c7rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mr6-d 6duv-1 4j1p-d 5uoo-d 5dbm-2 5dbm-1 2yem-2 4qev-d 6z7f-d 5xhk-d 6sxx-1 6zb2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.176, 72.647, 32.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15266.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EO1 / 7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-6-methoxy-2-methyl-N-(1-methyl-1H-indazol-3-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-amine 分子量: 453.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₃N₇O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50-75% peg 400, 0.1M Imidizole, pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 20228 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.271 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 155027

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.51-1.54	5.8	0.324	1005	0.925	0.143	0.356	0.933	98.7
1.54-1.56	6.6	0.3	959	0.96	0.126	0.327	0.956	100
1.56-1.59	7.1	0.276	1015	0.967	0.112	0.298	1.033	100
1.59-1.63	7.9	0.246	992	0.97	0.093	0.263	1.047	100
1.63-1.66	8	0.222	980	0.975	0.084	0.238	1.166	100
1.66-1.7	8.1	0.202	1020	0.98	0.076	0.216	1.213	100
1.7-1.74	8	0.193	977	0.976	0.074	0.207	1.299	100
1.74-1.79	8	0.171	993	0.985	0.065	0.183	1.34	100
1.79-1.84	7.9	0.155	985	0.987	0.06	0.167	1.402	100
1.84-1.9	8	0.143	1012	0.988	0.054	0.153	1.478	100
1.9-1.97	7.8	0.127	993	0.993	0.049	0.136	1.557	100
1.97-2.05	7.7	0.119	1014	0.993	0.046	0.128	1.669	100
2.05-2.14	7.6	0.106	1004	0.992	0.042	0.114	1.725	100
2.14-2.26	7.6	0.098	994	0.995	0.038	0.105	1.667	100
2.26-2.4	7.8	0.088	1022	0.994	0.034	0.095	1.6	100
2.4-2.58	8	0.079	1028	0.996	0.03	0.085	1.44	100
2.58-2.84	8	0.067	1010	0.998	0.025	0.071	1.223	100
2.84-3.25	8	0.06	1051	0.997	0.023	0.064	1.121	100
3.25-4.1	8	0.044	1053	0.999	0.017	0.047	0.832	100
4.1-50	7.3	0.037	1121	0.999	0.014	0.04	0.63	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Previously solved structure in lab

解像度: 1.51→42.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU R_free Blow DPI: 0.081 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.077

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1016	5.03 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.193	20189	99.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.38 Å² / B_iso mean: 22.29 Å² / B_iso min: 11.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.7767 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.799 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0223 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.51→42.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	911	0	41	97	1049
B_iso mean	-	-	38.28	36.59	-
残基数	-	-	-	-	112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	334	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	23	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	194	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	987	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	115	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1245	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	987	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1336	HARMONIC	2	0.9
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.57

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.58 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	151	5.38 %
R_work	0.1701	2657	-
all	0.1721	2808	-
obs	-	-	96.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.8914 Å / Origin y: 2.5207 Å / Origin z: 0.4914 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0199 Å²	-0.0019 Å²	-0.0047 Å²	-	-0.0148 Å²	-0.0021 Å²	-	-	-0.0344 Å²
L	0.6799 °²	0.0719 °²	0.0415 °²	-	1.2439 °²	-0.1096 °²	-	-	0.475 °²
S	0.0007 Å °	0.0243 Å °	-0.0446 Å °	-0.0134 Å °	-0.0069 Å °	-0.0175 Å °	-0.0085 Å °	0.0295 Å °	0.0062 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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