+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c7b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with Methoxynaphthyldiketoacid | ||||||
![]() | Malate synthase G | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / Acetyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Anion-pi Interactions in Computer-Aided Drug Design: Modeling the Inhibition of Malate Synthase by Phenyl-Diketo Acids. 著者: Ellenbarger, J.F. / Krieger, I.V. / Huang, H.L. / Gomez-Coca, S. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Wheeler, S.E. / Dunbar, K.R. #1: ![]() タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase. 著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 118.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 664.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 669.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6apzC ![]() 6as6C ![]() 6asuC ![]() 6au9C ![]() 6axbC ![]() 6ba7C ![]() 6bu1C ![]() 6c2xC ![]() 6c6oC ![]() 6c8pC ![]() 6dkoC ![]() 6dl9C ![]() 6dljC ![]() 6dnpC ![]() 1n8iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: glcB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A045ITM4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ENY / ( | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TRIS-HCl, MgCl2, PEG3350 / PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→74.21 Å / Num. obs: 40197 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1N8I 解像度: 2.133→49.811 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.133→49.811 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|