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- PDB-6c3c: PLP-dependent L-arginine hydroxylase RohP quinonoid I complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c3c
タイトルPLP-dependent L-arginine hydroxylase RohP quinonoid I complex
要素Uncharacterized protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / O2- / PLP-dependent hydroxylase
機能・相同性Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / pyridoxal phosphate binding / Chem-EJ1 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminotransferase class I/classII large domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces cattleya (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hedges, J.B. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-03778 カナダ
Alfred P. Sloan FoundationFG-20166503 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of the Catalytic Cycle of an O2, Pyridoxal Phosphate-Dependent Hydroxylase.
著者: Hedges, J.B. / Kuatsjah, E. / Du, Y.L. / Eltis, L.D. / Ryan, K.S.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,26917
ポリマ－94,5672
非ポリマー1,70215
水18,4651025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.150, 112.610, 101.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-656-

HOH

21B-907-

HOH

31B-1033-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 47283.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア)
株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057
遺伝子: SCATT_03970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8WNK6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EJ1 / (2E)-5-carbamimidamido-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}pentanoic acid


分子量: 403.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1025 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7, 16-20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→56.62 Å / Num. obs: 141151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 13.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.535.70.78839646700370030.6370.3630.872.2100
8.22-56.627.10.05563879040.9930.0220.05933.799.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DJ1

5dj1


解像度: 1.5→56.617 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 7267 5.15 %
Rwork0.1624 --
obs0.1637 141128 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.45 Å2 / Biso mean: 18.3686 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→56.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5880 0 112 1025 7017
Biso mean--20.39 29.33 -
残基数----731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8818407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.685760
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.5170.26472280.251444454673
1.517-1.53490.26862520.24444474699
1.5349-1.55360.24642300.22844714701
1.5536-1.57330.24072260.221544364662
1.5733-1.5940.25112430.215544624705
1.594-1.61580.25552540.20944604714
1.6158-1.63890.21632700.205244484718
1.6389-1.66340.23972390.199443944633
1.6634-1.68940.21742530.192844414694
1.6894-1.71710.20652230.190944974720
1.7171-1.74670.23662230.195744574680
1.7467-1.77840.23272580.191544274685
1.7784-1.81260.21672450.189544754720
1.8126-1.84960.20792510.176444634714
1.8496-1.88990.19182520.169143954647
1.8899-1.93380.17812410.161544684709
1.9338-1.98220.18712490.161844394688
1.9822-2.03580.21012090.163645054714
2.0358-2.09570.19872330.160544714704
2.0957-2.16330.19062420.158744634705
2.1633-2.24070.18592480.154944124660
2.2407-2.33040.19082540.15844974751
2.3304-2.43640.18372220.162444834705
2.4364-2.56490.17142300.158244724702
2.5649-2.72560.17642540.153344474701
2.7256-2.9360.18352580.155544754733
2.936-3.23150.18092420.148644714713
3.2315-3.6990.16282410.140744794720
3.699-4.660.13152370.124345174754
4.66-56.65780.16352600.150945444804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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