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- PDB-6bxh: Menin in complex with MI-853 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxh
タイトルMenin in complex with MI-853
要素Menin
キーワードProtein Binding / Transcription / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / R-SMAD binding ...negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / R-SMAD binding / histone methyltransferase complex / negative regulation of cell cycle / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / response to gamma radiation / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.445 Å
データ登録者Borkin, D. / Klossowski, S. / Pollock, J. / Linhares, B. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Menin in complex with MI-853
著者: Borkin, D. / Klossowski, S. / Pollock, J. / Linhares, B. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4574
ポリマ-56,6261
非ポリマー8313
2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Fluorescence polarization anisotropy assay
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.034, 78.118, 121.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Menin


分子量: 56626.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-EE7 / 1-{2-[4-(fluoroacetyl)piperazin-1-yl]ethyl}-4-methyl-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile


分子量: 656.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C32H36F4N8OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.37 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were ...詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.445→50 Å / Num. obs: 17430 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 40.4998627209 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.445→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X5Y
解像度: 2.445→47.9 Å / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 892 5.11 %
Rwork0.19 --
obs0.202 17430 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.445→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 55 129 3857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00387134421423827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.710041947865204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386165915222578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00499865800825660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.495855362613131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.445-2.59850.2931420.2372661X-RAY DIFFRACTION99.0109501943
2.5985-2.79910.2741310.2212748X-RAY DIFFRACTION100
2.7991-3.08070.2921570.2112726X-RAY DIFFRACTION100
3.0807-3.52640.261440.2022761X-RAY DIFFRACTION99.8968363136
3.5264-4.44240.2211630.1712746X-RAY DIFFRACTION99.1141396934
4.4424-47.9220.2581550.2032896X-RAY DIFFRACTION99.0262901655
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.8799386064 Å / Origin y: 10.9364037801 Å / Origin z: -12.9071603369 Å
111213212223313233
T0.165299156526 Å20.0248572465483 Å20.00129642025043 Å2-0.305595417956 Å2-0.0101680206908 Å2--0.198271622107 Å2
L0.81584835575 °20.715258532191 °2-0.322301808975 °2-3.4054372249 °2-1.4892040039 °2--2.22810903284 °2
S0.0216909223202 Å °-0.117732159076 Å °-0.0806816146101 Å °0.0177827972095 Å °-0.0472337603415 Å °-0.14521863905 Å °0.156371958002 Å °0.0435093942036 Å °0.0179179735528 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 2:588)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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