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- PDB-6bt0: CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND NR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bt0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND NR1
要素GTP-binding protein Rheb
キーワードSIGNALING PROTEIN / mTORC1 G-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling ...regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / protein kinase activator activity / endomembrane system / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to nutrient levels / Regulation of PTEN gene transcription / protein serine/threonine kinase activator activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / spliceosomal complex / response to virus / GDP binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E7V / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein Rheb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mahoney, S.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A small molecule inhibitor of Rheb selectively targets mTORC1 signaling.
著者: Mahoney, S.J. / Narayan, S. / Molz, L. / Berstler, L.A. / Kang, S.A. / Vlasuk, G.P. / Saiah, E.
履歴
登録2017年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / reflns_shell / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein Rheb
B: GTP-binding protein Rheb
C: GTP-binding protein Rheb
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,39313
ポリマ－80,9444
非ポリマー2,4489
水32418
1
A: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7043
ポリマ－20,2361
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2824
ポリマ－20,2361
非ポリマー1,0463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7043
ポリマ－20,2361
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7043
ポリマ－20,2361
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.150, 60.140, 66.320
Angle α, β, γ (deg.)68.350, 90.010, 72.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GTP-binding protein Rheb / Ras homolog enriched in brain


分子量: 20236.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHEB, RHEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15382
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-E7V / 4-bromo-6-[(3,4-dichlorophenyl)sulfanyl]-1-{[4-(dimethylcarbamoyl)phenyl]methyl}-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 578.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H19BrCl2N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 1500, 0.1M Na acetate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→46.37 Å / Num. obs: 18856 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 1.989 % / Biso Wilson estimate: 37.612 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.312 / Rrim(I) all: 0.441 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 2.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obs% possible allRmerge(I) obsRrim(I) allCC1/2
1.78-1.831.9580.03273557.9
1.83-1.881.9450.43254955.51.5852.242
1.88-1.931.9610.74232652.41.1361.6070.574
1.93-1.991.993405593.90.102
1.99-2.061.9950.25402195.33.1214.414
2.06-2.131.9940.34387295.42.4593.478
2.13-2.211.9950.3371594.62.6563.756
2.21-2.31.9960.52233062.51.4512.0520.776
2.3-2.41.9950.67346195.41.2761.8040.221
2.4-2.521.9940.92333895.90.9481.3410.308
2.52-2.651.9941.283138960.7010.9910.434
2.65-2.811.9951.68297895.90.5580.7890.547
2.81-3.011.9942.61281195.60.3480.4920.759
3.01-3.251.9954.01261396.10.220.310.892
3.25-3.561.9946.04240396.60.1280.180.967
3.56-3.981.9958.49201589.30.0970.1370.974
3.98-4.61.99511.291944970.0620.0870.988
4.6-5.631.99311.31162897.40.0580.0810.989
5.63-7.961.99210.95127196.80.060.0850.992
7.96-46.371.98619.5969096.10.0310.0430.996

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTQ

1xtq


解像度: 2.6→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU B: 21.282 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.477
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3164 943 5 %RANDOM
Rwork0.2168 ---
obs0.2219 17913 92.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.51 Å2 / Biso mean: 36.907 Å2 / Biso min: 8.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å2-0.7 Å20.17 Å2
2--1.37 Å20.55 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5349 0 150 18 5517
Biso mean--51.84 20.37 -
残基数----673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9947582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.991312384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3845669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.5925.187241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6011520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021231
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 71 -
Rwork0.304 1335 -
all-1406 -
obs--96.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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