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万見
- PDB-6bfa: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bfa
タイトルCalcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with inhibitor UW1553
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / bumped kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / protein kinase activity / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UW5 / CAM kinase, CDPK family TgCDPK1 / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Merritt, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI089441 米国
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Development of an Orally Available and Central Nervous System (CNS) Penetrant Toxoplasma gondii Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (TgCDPK1) Inhibitor with Minimal Human Ether-a-go-go- ...タイトル: Development of an Orally Available and Central Nervous System (CNS) Penetrant Toxoplasma gondii Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (TgCDPK1) Inhibitor with Minimal Human Ether-a-go-go-Related Gene (hERG) Activity for the Treatment of Toxoplasmosis.
著者: Vidadala, R.S. / Rivas, K.L. / Ojo, K.K. / Hulverson, M.A. / Zambriski, J.A. / Bruzual, I. / Schultz, T.L. / Huang, W. / Zhang, Z. / Scheele, S. / DeRocher, A.E. / Choi, R. / Barrett, L.K. / ...著者: Vidadala, R.S. / Rivas, K.L. / Ojo, K.K. / Hulverson, M.A. / Zambriski, J.A. / Bruzual, I. / Schultz, T.L. / Huang, W. / Zhang, Z. / Scheele, S. / DeRocher, A.E. / Choi, R. / Barrett, L.K. / Siddaramaiah, L.K. / Hol, W.G. / Fan, E. / Merritt, E.A. / Parsons, M. / Freiberg, G. / Marsh, K. / Kempf, D.J. / Carruthers, V.B. / Isoherranen, N. / Doggett, J.S. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J.
#1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J. / Merritt, E.A.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6162
ポリマ－55,2271
非ポリマー3891
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.124, 72.655, 65.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1 / TgCDPK1


分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BJF5, UniProt: A0A0F7UUA6*PLUS, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-UW5 / 1-{4-amino-3-[6-(cyclopropyloxy)naphthalen-2-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl}-2-methylpropan-2-ol / UW1553 / 1-[4-アミノ-3-[6-(シクロプロピルオキシ)-2-ナフタレニル]-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-1-(以下略)


分子量: 389.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24% PEG3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2 mM UW1533

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→36.23 Å / Num. obs: 10998 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.325 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACREFMAC_5.8.0158精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 2.8→36.23 Å / SU B: 48.32 / SU ML: 0.434 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.478 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 475 4.8 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 9459 89.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5 Å20 Å2-1.15 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---3.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 29 87 3824
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.45012.7537-0.16246.6331.83042.4499-0.2737-0.27330.2825-0.8094-0.0820.6271-0.4324-0.17470.35570.13840.0106-0.13340.06990.00850.15743.641-21.474-40.056
20.95760.4704-0.84110.9005-0.0673.77460.0523-0.0551-0.128-0.0217-0.19430.06340.0659-0.21010.1420.03920.0002-0.09240.1169-0.01570.25273.907-24.002-24.592
32.64020.4509-0.32343.1571-0.1071.55910.0067-0.11280.04060.3327-0.1377-0.14560.1341-0.15890.1310.0904-0.023-0.07240.1914-0.00660.13337.737-16.1-8.377
412.82793.23499.19210.8262.31376.59131.12130.0507-1.34280.3163-0.0828-0.31270.80350.0451-1.03840.46750.03150.17120.44410.03080.5105-2.627-36.8330.06
50.7081-0.5040.81380.6985-1.53135.201-0.067-0.14130.1577-0.21530.0589-0.03170.5498-0.42850.00810.2807-0.0321-0.11670.2423-0.04330.2525-11.544-7.431-36.719
69.9117-2.11773.46682.37661.33777.54440.49170.1302-0.3131-0.5013-0.034-0.1099-0.17740.5255-0.45770.3815-0.0694-0.16860.13380.02910.1735-15.075-11.396-51.475
74.60031.5493-2.28971.3078-1.75093.27620.0162-0.10810.2729-0.02550.21520.0258-0.0539-0.1496-0.23140.0603-0.0107-0.08430.1609-0.09040.2756-16.754-0.753-22.871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3A212 - 313
4X-RAY DIFFRACTION4A314 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5A321 - 383
6X-RAY DIFFRACTION6A384 - 432
7X-RAY DIFFRACTION7A433 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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