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- PDB-6b1y: Crystal structure KPC-2 beta-lactamase complexed with WCK 5153 by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b1y
タイトルCrystal structure KPC-2 beta-lactamase complexed with WCK 5153 by co-crystallization
要素Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CD7 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者van den Akker, F. / Nguyen, N.Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Wockhardt 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using beta-Lactamase Inhibitors and beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK ...タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using beta-Lactamase Inhibitors and beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK 5153, Zidebactam (WCK 5107), and WCK 4234.
著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / ...著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / Patil, V. / Yeole, R. / Bhagwat, S.S. / Patel, M.V. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
B: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,19613
ポリマ－56,6982
非ポリマー1,49811
水6,035335
1
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9545
ポリマ－28,3491
非ポリマー6054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2428
ポリマ－28,3491
非ポリマー8937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.529, 37.349, 82.070
Angle α, β, γ (deg.)87.660, 89.710, 84.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1


分子量: 28348.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CD7 / (2S,5Z)-1-formyl-5-imino-N'-[(3R)-1-(sulfooxy)pyrrolidine-3-carbonyl]piperidine-2-carbohydrazide / open form - WCK 5153


分子量: 377.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N5O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細The covalently bound inhibitor becomes desulfated during the co-crystallization process

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM Lithium sulfate, 100mM sodium acetate pH 4.4-4.6, and 28-31% PEG8000. Protein to inhibitor molar ratio of 1 is to 10 and KPC-2 concentration was 10 mg/mL
PH範囲: 4.4 - 4.6 / Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12708 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.13 Å / Num. obs: 35965 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Num. unique obs: 2083 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.384 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→37.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.86 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1799 5 %RANDOM
Rwork0.1486 ---
obs0.151 34166 95.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.38 Å2 / Biso mean: 14.148 Å2 / Biso min: 5.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→37.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3975 0 77 335 4387
Biso mean--24.05 21.41 -
残基数----533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024133
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9755632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0973.0058973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3695531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20223.537164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9215623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0431530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02925
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 137 -
Rwork0.219 2461 -
all-2598 -
obs--92.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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