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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aad | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanosarcina mazei PylRS(Y306A/Y384F) complexed with mTmdZLys | ||||||
要素 | Pyrrolysine--tRNA ligase | ||||||
キーワード | TRANSLATION / aminoacyl-tRNA synthetase / non-natural amino acids | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanosarcina mazei JCM 9314 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.444 Å | ||||||
データ登録者 | Yanagisawa, T. / Kuratani, M. / Yokoyama, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019 タイトル: Structural Basis for Genetic-Code Expansion with Bulky Lysine Derivatives by an Engineered Pyrrolysyl-tRNA Synthetase. 著者: Yanagisawa, T. / Kuratani, M. / Seki, E. / Hino, N. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aad.cif.gz | 145.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aad.ent.gz | 110.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aad.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6aad_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6aad_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6aad_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6aad_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aad | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6aacC 6aanC 6aaoC 6aapC 6aaqC 6aazC 6ab0C 6ab1C 6ab2C 6ab8C 6abkC 6ablC 6abmC 2zimS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.982 Da / 分子数: 1 / 変異: Y306A,Y384F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei JCM 9314 (古細菌) 遺伝子: pylS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): rosetta / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase |
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-非ポリマー , 5種, 290分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 化合物 | ChemComp-9TU / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | The sequence reference Q8PWY1 (PYLS_METMA) is derived from a different strain (Methanosarcina mazei ...The sequence reference Q8PWY1 (PYLS_METMA) is derived from a different strain (Methanosarcina mazei Go1, TaxID 192952). Residue E444G is a natural mutation observed in PylRS gene from Methanosarcina mazei JCM 9314 genome. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris-HCl buffer (pH 8.5),PEG 200, KCl, MgCl2, sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 48373 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.2 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 34.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.48 Å / Num. unique obs: 2317 / Rpim(I) all: 0.283 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZIM 解像度: 1.444→35.019 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.444→35.019 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 71.548 Å / Origin y: 23.175 Å / Origin z: 27.832 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |