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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a1h | ||||||
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タイトル | Mandelate oxidase mutant-Y128F with 5-deazariboflavin mononucleotide | ||||||
要素 | 4-hydroxymandelate oxidase | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / : / fatty acid alpha-oxidation / L-lactate dehydrogenase activity / FMN binding / peroxisome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Amycolatopsis orientalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T.L. / Lin, K.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: The flavin mononucleotide cofactor in alpha-hydroxyacid oxidases exerts its electrophilic/nucleophilic duality in control of the substrate-oxidation level. 著者: Lyu, S.Y. / Lin, K.H. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Hsu, N.S. / Wu, C.J. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a1h.cif.gz | 92.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a1h.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6a1h_validation.pdf.gz | 769.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6a1h_full_validation.pdf.gz | 770.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6a1h_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6a1h_validation.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5zzpC 5zzrC 5zzzC 6a08C 6a0vC 6a13C 6a19C 6a1lC 6a1mC 6a1pC 6a1rC 6a21C 6a23C 6a3tC 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-9O9 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→30 Å / Num. obs: 114235 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.016 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 41.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.41 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 11308 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.25 / Χ2: 1.002 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SGZ 解像度: 1.36→30 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.45
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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