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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6896 | |||||||||
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タイトル | Structure of human cytochrome c oxidase | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex IV assembly / respiratory chain complex IV assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of oxidative phosphorylation / : / cytochrome-c oxidase / : ...Complex IV assembly / respiratory chain complex IV assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of oxidative phosphorylation / : / cytochrome-c oxidase / : / response to copper ion / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / response to electrical stimulus / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / Mitochondrial protein degradation / substantia nigra development / lactation / cerebellum development / generation of precursor metabolites and energy / central nervous system development / TP53 Regulates Metabolic Genes / mitochondrial membrane / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / response to hypoxia / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zong S / Wu M / Gu J / Yang M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2018 タイトル: Structure of the intact 14-subunit human cytochrome c oxidase. 著者: Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Maojun Yang / 要旨: Respiration is one of the most basic features of living organisms, and the electron transport chain complexes are probably the most complicated protein system in mitochondria. Complex-IV is the ...Respiration is one of the most basic features of living organisms, and the electron transport chain complexes are probably the most complicated protein system in mitochondria. Complex-IV is the terminal enzyme of the electron transport chain, existing either as randomly scattered complexes or as a component of supercomplexes. NDUFA4 was previously assumed as a subunit of complex-I, but recent biochemical data suggested it may be a subunit of complex-IV. However, no structural evidence supporting this notion was available till now. Here we obtained the 3.3 Å resolution structure of complex-IV derived from the human supercomplex IIIIIV and assigned the NDUFA4 subunit into complex-IV. Intriguingly, NDUFA4 lies exactly at the dimeric interface observed in previously reported crystal structures of complex-IV homodimer which would preclude complex-IV dimerization. Combining previous structural and biochemical data shown by us and other groups, we propose that the intact complex-IV is a monomer containing 14 subunits. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6896.map.gz | 19.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6896-v30.xml emd-6896.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6896.png | 90.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6896 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6896_validation.pdf.gz | 303 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6896_full_validation.pdf.gz | 302.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6896_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6896 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : intact 14-subunit human cytochrome c oxidase
全体 | 名称: intact 14-subunit human cytochrome c oxidase |
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要素 |
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-超分子 #1: intact 14-subunit human cytochrome c oxidase
超分子 | 名称: intact 14-subunit human cytochrome c oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.56 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 1010000 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |