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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6878 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a nucleolar pre-60S ribosome (Rpf1-TAP) | |||||||||
マップデータ | Unmasked cryo-EM map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 snoRNA release from pre-rRNA / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...snoRNA release from pre-rRNA / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear periphery / ribosomal large subunit biogenesis / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / protein catabolic process / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear envelope / ribosomal large subunit assembly / protein-macromolecule adaptor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou D / Zhu X / Ye K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of an early precursor of large ribosomal subunit reveals a half-assembled intermediate. 著者: Dejian Zhou / Xing Zhu / Sanduo Zheng / Dan Tan / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / 要旨: Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is ...Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is established. Here, we report the structure of an early nucleolar pre-60S ribosome determined by cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution, revealing a half-assembled subunit. Domains I, II and VI of 25S/5.8S rRNA pack tightly into a native-like substructure, but domains III, IV and V are not assembled. The structure contains 12 assembly factors and 19 ribosomal proteins, many of which are required for early processing of large subunit rRNA. The Brx1-Ebp2 complex would interfere with the assembly of domains IV and V. Rpf1, Mak16, Nsa1 and Rrp1 form a cluster that consolidates the joining of domains I and II. Our structure reveals a key intermediate on the path to establishing the global architecture of 60S subunits. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6878.map.gz | 166.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6878-v30.xml emd-6878.xml | 52.1 KB 52.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6878_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6878.png | 56.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6878 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6878 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6878_validation.pdf.gz | 580.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6878_full_validation.pdf.gz | 580.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6878_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6878_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6878 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6878 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unmasked cryo-EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Rpf1-TAP pre-60S
+超分子 #1: Rpf1-TAP pre-60S
+分子 #1: 25S rRNA
+分子 #2: 5.8S rRNA
+分子 #3: ITS2 RNA
+分子 #4: Ribosome biogenesis protein RLP7
+分子 #5: Ribosome biogenesis protein 15
+分子 #6: 60S ribosomal protein L3
+分子 #7: 60S ribosomal protein L4-A
+分子 #8: Proteasome-interacting protein CIC1
+分子 #9: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #10: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #12: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #13: Nucleolar protein 7
+分子 #14: Eukaryotic translation initiation factor 6
+分子 #15: Ribosome production factor 1
+分子 #16: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #17: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #20: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #22: Ribosome biogenesis protein NSA1
+分子 #23: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #24: Ribosomal RNA-processing protein 1
+分子 #25: ATP-dependent RNA helicase HAS1
+分子 #26: Protein MAK16
+分子 #27: Ribosome biogenesis protein BRX1
+分子 #28: rRNA-processing protein EBP2
+分子 #29: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #30: Unassigned
+分子 #31: 60S ribosomal protein L32
+分子 #32: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #33: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #34: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #35: 60S ribosomal protein L37-A
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 1-3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1983 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | real space refinement |
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精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-5z3g: |