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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6844 | ||||||||||||
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タイトル | Cofilin decorated actin filament | ||||||||||||
マップデータ | Cofilin-decorated actin filament | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Actin / Cofilin / CYTOSOLIC PROTEIN / muscle / cytoskeleton | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament fragmentation / Striated Muscle Contraction / actin filament severing / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear matrix ...actin filament fragmentation / Striated Muscle Contraction / actin filament severing / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear matrix / actin filament binding / actin cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tanaka K / Narita A | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis for cofilin binding and actin filament disassembly. 著者: Kotaro Tanaka / Shuichi Takeda / Kaoru Mitsuoka / Toshiro Oda / Chieko Kimura-Sakiyama / Yuichiro Maéda / Akihiro Narita / 要旨: Actin depolymerizing factor (ADF) and cofilin accelerate actin dynamics by severing and disassembling actin filaments. Here, we present the 3.8 Å resolution cryo-EM structure of cofilactin ...Actin depolymerizing factor (ADF) and cofilin accelerate actin dynamics by severing and disassembling actin filaments. Here, we present the 3.8 Å resolution cryo-EM structure of cofilactin (cofilin-decorated actin filament). The actin subunit structure of cofilactin (C-form) is distinct from those of F-actin (F-form) and monomeric actin (G-form). During the transition between these three conformations, the inner domain of actin (subdomains 3 and 4) and the majority of subdomain 1 move as two separate rigid bodies. The cofilin-actin interface consists of three distinct parts. Based on the rigid body movements of actin and the three cofilin-actin interfaces, we propose models for the cooperative binding of cofilin to actin, preferential binding of cofilin to ADP-bound actin filaments and cofilin-mediated severing of actin filaments. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6844.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6844-v30.xml emd-6844.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6844_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6844.png | 204.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6844.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6844 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6844_validation.pdf.gz | 438.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6844_full_validation.pdf.gz | 437.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6844_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6844_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6844 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cofilin-decorated actin filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cofilin-decorated actin filament
全体 | 名称: Cofilin-decorated actin filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Cofilin-decorated actin filament
超分子 | 名称: Cofilin-decorated actin filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 41.875633 KDa |
組換発現 | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
配列 | 文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: Cofilin-2
分子 | 名称: Cofilin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 18.690598 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASGVTVNDE VIKVFNDMKV RKSSTPEEIK KRKKAVLFCL SDDKKQIIVE EAKQILVGDI GDTVEDPYTA FVKLLPLNDC RYALYDATY ETKESKKEDL VFIFWAPESA PLKSKMIYAS SKDAIKKKFT GIKHEWQVNG LDDIKDRSTL GEKLGGNVVV S LEGKPL UniProtKB: Cofilin-2 |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |