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- EMDB-6817: Cryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6817
タイトルCryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disassembly from S.cerevisiae at 3.5 angstrom
マップデータCryo-EM map of the ILS spliceosome from S.cerevisiae at 3.5 angstrom
試料
  • 複合体: S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 4種
キーワードILS complex / Ntr complex / disassembly / Prp43 / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA branch site recognition / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP ...mRNA branch site recognition / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / U4 snRNP / U2-type prespliceosome / poly(U) RNA binding / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / DNA replication origin binding / Prp19 complex / Dual incision in TC-NER / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / protein K63-linked ubiquitination / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / 90S preribosome / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / spliceosomal complex / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / rRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / GTP binding / chromatin / nucleolus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / TFP11/STIP/Ntr1 / Nineteen complex-related protein 2 / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Saf4/Yju2 protein / DHX15, DEXH-box helicase domain / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif ...: / : / TFP11/STIP/Ntr1 / Nineteen complex-related protein 2 / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Saf4/Yju2 protein / DHX15, DEXH-box helicase domain / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / DnaJ domain / U-box domain / Leucine-rich repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Chaperone J-domain superfamily / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / DnaJ domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / : / Sm domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Myb-like DNA-binding domain / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Splicing factor YJU2 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor NTR2 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G ...Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Splicing factor YJU2 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor NTR2 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC23 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor SPP382 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Wan R / Yan C
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of an Intron Lariat Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Ruixue Wan / Chuangye Yan / Rui Bai / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: The disassembly of the intron lariat spliceosome (ILS) marks the end of a splicing cycle. Here we report a cryoelectron microscopy structure of the ILS complex from Saccharomyces cerevisiae at an ...The disassembly of the intron lariat spliceosome (ILS) marks the end of a splicing cycle. Here we report a cryoelectron microscopy structure of the ILS complex from Saccharomyces cerevisiae at an average resolution of 3.5 Å. The intron lariat remains bound in the spliceosome whereas the ligated exon is already dissociated. The step II splicing factors Prp17 and Prp18, along with Cwc21 and Cwc22 that stabilize the 5' exon binding to loop I of U5 small nuclear RNA (snRNA), have been released from the active site assembly. The DEAH family ATPase/helicase Prp43 binds Syf1 at the periphery of the spliceosome, with its RNA-binding site close to the 3' end of U6 snRNA. The C-terminal domain of Ntr1/Spp382 associates with the GTPase Snu114, and Ntr2 is anchored to Prp8 while interacting with the superhelical domain of Ntr1. These structural features suggest a plausible mechanism for the disassembly of the ILS complex.
履歴
登録2017年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月1日-
マップ公開2018年8月1日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5y88
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6817.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6817.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the ILS spliceosome from S.cerevisiae at 3.5 angstrom
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.4 Å		1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.4 Å		1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.306 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.13988014 - 0.28165865
平均 (標準偏差)0.00027459196 (±0.0073554576)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 522.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3061.3061.306
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z522.400522.400522.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1400.2820.000

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添付データ

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追加マップ: local map for the Prp43 region of the...

ファイルemd_6817_additional_1.map
注釈local map for the Prp43 region of the ILS spliceosome from S.cerevisiae
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: local map for the Spp382 region of the...

ファイルemd_6817_additional_2.map
注釈local map for the Spp382 region of the ILS spliceosome from S.cerevisiae
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)

全体名称: S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)
要素
  • 複合体: S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 8
    • RNA: U5 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
    • RNA: U6 snRNA
    • RNA: Intron lariat
    • RNA: U2 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing protein 45
    • タンパク質・ペプチド: Protein CWC16
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 17
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CWC23
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SPP382
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor NTR2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 19
    • RNA: RNA (intron or U6 snRNA)
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)

超分子名称: S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#34
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c

+
分子 #1: Pre-mRNA-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 279.867469 KDa
配列文字列: MSGLPPPPPG FEEDSDLALP PPPPPPPGYE IEELDNPMVP SSVNEDTFLP PPPPPPSNFE INAEEIVDFT LPPPPPPPGL DELETKAEK KVELHGKRKL DIGKDTFVTR KSRKRAKKMT KKAKRSNLYT PKAEMPPEHL RKIINTHSDM ASKMYNTDKK A FLGALKYL ...文字列:
MSGLPPPPPG FEEDSDLALP PPPPPPPGYE IEELDNPMVP SSVNEDTFLP PPPPPPSNFE INAEEIVDFT LPPPPPPPGL DELETKAEK KVELHGKRKL DIGKDTFVTR KSRKRAKKMT KKAKRSNLYT PKAEMPPEHL RKIINTHSDM ASKMYNTDKK A FLGALKYL PHAILKLLEN MPHPWEQAKE VKVLYHTSGA ITFVNETPRV IEPVYTAQWS ATWIAMRREK RDRTHFKRMR FP PFDDDEP PLSYEQHIEN IEPLDPINLP LDSQDDEYVK DWLYDSRPLE EDSKKVNGTS YKKWSFDLPE MSNLYRLSTP LRD EVTDKN YYYLFDKKSF FNGKALNNAI PGGPKFEPLY PREEEEDYNE FNSIDRVIFR VPIRSEYKVA FPHLYNSRPR SVRI PWYNN PVSCIIQNDE EYDTPALFFD PSLNPIPHFI DNNSSLNVSN TKENGDFTLP EDFAPLLAEE EELILPNTKD AMSLY HSPF PFNRTKGKMV RAQDVALAKK WFLQHPDEEY PVKVKVSYQK LLKNYVLNEL HPTLPTNHNK TKLLKSLKNT KYFQQT TID WVEAGLQLCR QGHNMLNLLI HRKGLTYLHL DYNFNLKPTK TLTTKERKKS RLGNSFHLMR ELLKMMKLIV DTHVQFR LG NVDAFQLADG IHYILNHIGQ LTGIYRYKYK VMHQIRACKD LKHIIYYKFN KNLGKGPGCG FWQPAWRVWL NFLRGTIP L LERYIGNLIT RQFEGRSNEI VKTTTKQRLD AYYDLELRNS VMDDILEMMP ESIRQKKART ILQHLSEAWR CWKANIPWD VPGMPAPIKK IIERYIKSKA DAWVSAAHYN RERIKRGAHV EKTMVKKNLG RLTRLWIKNE QERQRQIQKN GPEITPEEAT TIFSVMVEW LESRSFSPIP FPPLTYKNDT KILVLALEDL KDVYASKVRL NASEREELAL IEEAYDNPHD TLNRIKKYLL T QRVFKPVD ITMMENYQNI SPVYSVDPLE KITDAYLDQY LWYEADQRKL FPNWIKPSDS EIPPLLVYKW TQGINNLSEI WD VSRGQSA VLLETTLGEM AEKIDFTLLN RLLRLIVDPN IADYITAKNN VVINFKDMSH VNKYGLIRGL KFASFIFQYY GLV IDLLLL GQERATDLAG PANNPNEFMQ FKSKEVEKAH PIRLYTRYLD RIYMLFHFEE DEGEELTDEY LAENPDPNFE NSIG YNNRK CWPKDSRMRL IRQDVNLGRA VFWEIQSRVP TSLTSIKWEN AFVSVYSKNN PNLLFSMCGF EVRILPRQRM EEVVS NDEG VWDLVDERTK QRTAKAYLKV SEEEIKKFDS RIRGILMASG STTFTKVAAK WNTSLISLFT YFREAIVATE PLLDIL VKG ETRIQNRVKL GLNSKMPTRF PPAVFYTPKE LGGLGMISAS HILIPASDLS WSKQTDTGIT HFRAGMTHED EKLIPTI FR YITTWENEFL DSQRVWAEYA TKRQEAIQQN RRLAFEELEG SWDRGIPRIS TLFQRDRHTL AYDRGHRIRR EFKQYSLE R NSPFWWTNSH HDGKLWNLNA YRTDVIQALG GIETILEHTL FKGTGFNSWE GLFWEKASGF EDSMQFKKLT HAQRTGLSQ IPNRRFTLWW SPTINRANVY VGFLVQLDLT GIFLHGKIPT LKISLIQIFR AHLWQKIHES IVFDICQILD GELDVLQIES VTKETVHPR KSYKMNSSAA DITMESVHEW EVSKPSLLHE TNDSFKGLIT NKMWFDVQLR YGDYDSHDIS RYVRAKFLDY T TDNVSMYP SPTGVMIGID LAYNMYDAYG NWFNGLKPLI QNSMRTIMKA NPALYVLRER IRKGLQIYQS SVQEPFLNSS NY AELFNND IKLFVDDTNV YRVTVHKTFE GNVATKAING CIFTLNPKTG HLFLKIIHTS VWAGQKRLSQ LAKWKTAEEV SAL VRSLPK EEQPKQIIVT RKAMLDPLEV HMLDFPNIAI RPTELRLPFS AAMSIDKLSD VVMKATEPQM VLFNIYDDWL DRIS SYTAF SRLTLLLRAL KTNEESAKMI LLSDPTITIK SYHLWPSFTD EQWITIESQM RDLILTEYGR KYNVNISALT QTEIK DIIL GQNIKAPSVK RQKMAELEAA RSEKQNDEEA AGASTVMKTK TINAQGEEIV VVASADYESQ TFSSKNEWRK SAIANT LLY LRLKNIYVSA DDFVEEQNVY VLPKNLLKKF IEISDVKIQV AAFIYGMSAK DHPKVKEIKT VVLVPQLGHV GSVQISN IP DIGDLPDTEG LELLGWIHTQ TEELKFMAAS EVATHSKLFA DKKRDCIDIS IFSTPGSVSL SAYNLTDEGY QWGEENKD I MNVLSEGFEP TFSTHAQLLL SDRITGNFII PSGNVWNYTF MGTAFNQEGD YNFKYGIPLE FYNEMHRPVH FLQFSELAG DEELEAEQID VFS

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor 8

+
分子 #3: Pre-mRNA-splicing factor SNU114

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 114.174008 KDa
配列文字列: MEGDDLFDEF GNLIGVDPFD SDEEESVLDE QEQYQTNTFE GSGNNNEIES RQLTSLGSKK ELGISLEHPY GKEVEVLMET KNTQSPQTP LVEPVTERTK LQEHTIFTQL KKNIPKTRYN RDYMLSMANI PERIINVGVI GPLHSGKTSL MDLLVIDSHK R IPDMSKNV ...文字列:
MEGDDLFDEF GNLIGVDPFD SDEEESVLDE QEQYQTNTFE GSGNNNEIES RQLTSLGSKK ELGISLEHPY GKEVEVLMET KNTQSPQTP LVEPVTERTK LQEHTIFTQL KKNIPKTRYN RDYMLSMANI PERIINVGVI GPLHSGKTSL MDLLVIDSHK R IPDMSKNV ELGWKPLRYL DNLKQEIDRG LSIKLNGSTL LCTDLESKSR MINFLDAPGH VNFMDETAVA LAASDLVLIV ID VVEGVTF VVEQLIKQSI KNNVAMCFVI NKLDRLILDL KLPPMDAYLK LNHIIANINS FTKGNVFSPI DNNIIFASTK LGF TFTIKE FVSYYYAHSI PSSKIDDFTT RLWGSVYYHK GNFRTKPFEN VEKYPTFVEF ILIPLYKIFS YALSMEKDKL KNLL RSNFR VNLSQEALQY DPQPFLKHVL QLIFRQQTGL VDAITRCYQP FELFDNKTAH LSIPGKSTPE GTLWAHVLKT VDYGG AEWS LVRIYSGLLK RGDTVRILDT SQSESRQKRQ LHDISKTETS NEDEDEDDET PSCEVEEIGL LGGRYVYPVH EAHKGQ IVL IKGISSAYIK SATLYSVKSK EDMKQLKFFK PLDYITEAVF KIVLQPLLPR ELPKLLDALN KISKYYPGVI IKVEESG EH VILGNGELYM DCLLYDLRAS YAKIEIKISD PLTVFSESCS NESFASIPVS NSISRLGEEN LPGLSISVAA EPMDSKMI Q DLSRNTLGKG QNCLDIDGIM DNPRKLSKIL RTEYGWDSLA SRNVWSFYNG NVLINDTLPD EISPELLSKY KEQIIQGFY WAVKEGPLAE EPIYGVQYKL LSISVPSDVN IDVMKSQIIP LMKKACYVGL LTAIPILLEP IYEVDITVHA PLLPIVEELM KKRRGSRIY KTIKVAGTPL LEVRGQVPVI ESAGFETDLR LSTNGLGMCQ LYFWHKIWRK VPGDVLDKDA FIPKLKPAPI N SLSRDFVM KTRRRKGIST GGFMSNDGPT LEKYISAELY AQLRENGLVP

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SNU114

+
分子 #7: Pre-mRNA-splicing factor SNT309

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 20.741455 KDa
配列文字列:
MDGLSFVDKG KIPDGYKNEI DQLVKKEFAN IKREPVHPEI RGILAKRKGA DNSVSTLTNA LYTEYLKQRN NKKRRTPDFN DDDDTLFLE EYRRKYPRID TSRYIPNESS EVSLLGIVDS YLKHQEIVLD TLLPQTVSNQ WRINNDYIRQ TCTIVEEMNI Q QRKQINDL EIYRKRL

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SNT309

+
分子 #8: Pre-mRNA-splicing factor SYF1

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.344016 KDa
配列文字列: MSAYIAMKGV ITNVDENIRN DEDVAFEYEI QKTPQNILTW KRYIEYWKEE GRTDKQIRWL YERFCSQFVT DTSIWEDYIR WESTKEVVE TSRIFWLFQR CLKSCVRDCD RICLSYLELA IEQYDLAMIR HALASSLMKM EREMHRKVWD PVIKFVEEKV L PLTQLDST ...文字列:
MSAYIAMKGV ITNVDENIRN DEDVAFEYEI QKTPQNILTW KRYIEYWKEE GRTDKQIRWL YERFCSQFVT DTSIWEDYIR WESTKEVVE TSRIFWLFQR CLKSCVRDCD RICLSYLELA IEQYDLAMIR HALASSLMKM EREMHRKVWD PVIKFVEEKV L PLTQLDST QEDEEESTDE AELINVLLVK GFTKGGFISE EISENGSRGD IWSSHILERY LKVAPQQKRN ESLATLALTR DN ITIKSVY EKYLPQDENS GKYLPSSELP FELNFNYLAS LEKLGLDNQY EEFMRQMNGI YPDKWLFLIL SLAKYYISRG RLD SCGDLL KKSLQQTLRY SDFDRIYNFY LLFEQECSQF ILGKLKENDS KFFNQKDWTE KLQAHMATFE SLINLYDIYL NDVA LRQDS NLVETWMKRV SLQKSAAEKC NVYSEAILKI DPRKVGTPGS FGRLWCSYGD LYWRSNAIST ARELWTQSLK VPYPY IEDL EEIYLNWADR ELDKEGVERA FSILEDALHV PTNPEILLEK YKNGHRKIPA QTVLFNSLRI WSKYIDYLEA YCPKDA NSS DKIFNKTKMA YNTVIDLRLI TPAMAENFAL FLQNHYEVME SFQVYEKTIP LFPPEIQYEL WIEYLEVATS HQLSSLS PE HIRFLFEKAL KNLCSNGIDC KTIFIAYSVF EERISGLISK SIEILRRGAV IGTVSVSTHL ESRLQLWRMC ISKAESTL G PSVTRELYQE CIQILPNSKA VEFVIKFSDF ESSIGETIRA REILAYGAKL LPPSRNTELW DSFEIFELKH GDKETYKDM LKMKKVLESN MLIDSASVSH EEGNINFVAA ATSHAPNSHT LTQSTSSYSI NPDEIELDI

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SYF1

+
分子 #9: Pre-mRNA-splicing factor CLF1

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 82.555859 KDa
配列文字列: MDTLEPTAVD THVSAEQILR DVYKKGQKAR GSTNIDILDL EELREYQRRK RTEYEGYLKR NRLDMGQWIR YAQFEIEQHD MRRARSIFE RALLVDSSFI PLWIRYIDAE LKVKCINHAR NLMNRAISTL PRVDKLWYKY LIVEESLNNV EIVRSLYTKW C SLEPGVNA ...文字列:
MDTLEPTAVD THVSAEQILR DVYKKGQKAR GSTNIDILDL EELREYQRRK RTEYEGYLKR NRLDMGQWIR YAQFEIEQHD MRRARSIFE RALLVDSSFI PLWIRYIDAE LKVKCINHAR NLMNRAISTL PRVDKLWYKY LIVEESLNNV EIVRSLYTKW C SLEPGVNA WNSFVDFEIR QKNWNGVREI YSKYVMAHPQ MQTWLKWVRF ENRHGNTEFT RSVYSLAIDT VANLQNLQIW SD MEVAKLV NSFAHWEAAQ QEYERSSALY QIAIEKWPSN QLLKAGLLDF EKQFGDINSI EETISYKRKM EYETILSNNA YDY DTWWLY LDLISESFPK QIMQTFEKAI VDSRPKELSK NVQWKRYIYL WMRYICYVEL ELENSLLEEE LFQRLIDDII PHKH FTFSK IWLMYAKFLI RHDDVPKARK ILGKAIGLCP KAKTFKGYIE LEVKLKEFDR VRKIYEKFIE FQPSDLQIWS QYGEL EENL GDWDRVRGIY TIALDENSDF LTKEAKIVLL QKYITFETES QEFEKARKLY RRYLELNQYS PQSWIEFAMY QTSTPT EQQ LLDLAKLQSE NVDEDIEFEI TDENKLEARK VFEEAIVFFK EKDDKQGRLS ILEALKDYEE TYGTELDQET VKKRFPK VI KKVRLQNGVE EEFVDYIFPD DIDDDKPKPS KFLELAKKWK QEQAL

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor CLF1

+
分子 #10: Pre-mRNA-splicing factor CEF1

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 67.837773 KDa
配列文字列: MPPVPIYVKG GVWTNVEDQI LKAAVQKYGT HQWSKVASLL QKKTARQSEL RWNEYLNPKL NFTEFSKEED AQLLDLAREL PNQWRTIAD MMARPAQVCV ERYNRLLESE DSGGAALSTG VTDLKAGDIN PNAETQMARP DNGDLEDEEK EMLAEARARL L NTQGKKAT ...文字列:
MPPVPIYVKG GVWTNVEDQI LKAAVQKYGT HQWSKVASLL QKKTARQSEL RWNEYLNPKL NFTEFSKEED AQLLDLAREL PNQWRTIAD MMARPAQVCV ERYNRLLESE DSGGAALSTG VTDLKAGDIN PNAETQMARP DNGDLEDEEK EMLAEARARL L NTQGKKAT RKIRERMLEE SKRIAELQKR RELKQAGINV AIKKPKKKYG TDIDYNEDIV YEQAPMPGIY DTSTEDRQIK KK FEQFERK VNRKGLDGNK DKPSKKNKDK KRKHDENEHV EKAALGESTT LTDEYKKPKL ILSAPGTKQG KVTYKKKLES KRQ KLIEAQ ATGTVLTPKE LLPHDSGQED NERSNIKSGK QLKSRIRKFL VQMFASLPSP KNDFEIVLSE DEKEEDAEIA EYEK EFENE RAMNEEDNFI EPPSQNDAPR VSLVAVPLAY STLPIPEFKN NPQSAIDNKY NLLVANAINK EPHMVPEDTV DFLKE VESR MQHITQGRTS MKIQFKTAMP PTEVLLESIQ SKVESIEQLQ RKLQHVQPLE QQNNEMCSTL CHHSLPALIE GQRKYY ADY YAYRQEIRSL EGRRKRLQAM LNSSSSI

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor CEF1

+
分子 #11: Pre-mRNA-splicing factor SYF2

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.850719 KDa
配列文字列: MDFYKLDEKL KELKRKRVDV SIKSRKLADR EIQEVSANRK PRVYSMEDVN DADESVGDTE SPEKEKAFHY TVQEYDAWER RHPQGKTGQ SQRGGISYDQ LAKLSYEKTL RNLATQTQNS SKQDSSADEE DNKNVPKKGR IGKVQKDTKT GKITIADDDK L VNKLAVSL ...文字列:
MDFYKLDEKL KELKRKRVDV SIKSRKLADR EIQEVSANRK PRVYSMEDVN DADESVGDTE SPEKEKAFHY TVQEYDAWER RHPQGKTGQ SQRGGISYDQ LAKLSYEKTL RNLATQTQNS SKQDSSADEE DNKNVPKKGR IGKVQKDTKT GKITIADDDK L VNKLAVSL QSESKKRYEA RKRQMQNAKT LYGVESFIND KNKQFNEKLS RESKGSE

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SYF2

+
分子 #12: Pre-mRNA-splicing factor BUD31

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 18.484502 KDa
配列文字列:
MPRIKTRRSK PAPDGFEKIK PTLTDFEIQL RDAQKDKSSK LAAKSNEQLW EIMQLHHQRS RYIYTLYYKR KAISKDLYDW LIKEKYADK LLIAKWRKTG YEKLCCLRCI QKNETNNGST CICRVPRAQL EEEARKKGTQ VSFHQCVHCG CRGCASTD

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor BUD31

+
分子 #13: Pre-mRNA-splicing factor SLT11

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 40.98859 KDa
配列文字列: MNDEINEPPP NICEQCLGDE ANIRMTKIPQ GSECKICTLP FTLYHFKTSK RSNNIIKTLI CVRCATQRNI CQCCMLDSRW HIPIQLRDH LISLVNEENV MTEEAKNDMM KRFLSLKNVK LGGAQITSDP SEADNIVDKL KNILLRATSD GPSTPLIKNT T ALYKNEKG ...文字列:
MNDEINEPPP NICEQCLGDE ANIRMTKIPQ GSECKICTLP FTLYHFKTSK RSNNIIKTLI CVRCATQRNI CQCCMLDSRW HIPIQLRDH LISLVNEENV MTEEAKNDMM KRFLSLKNVK LGGAQITSDP SEADNIVDKL KNILLRATSD GPSTPLIKNT T ALYKNEKG ANEVKNLEKY ASVDISHILK KLPLNESFLK NPSTKSFFLY NIDASIPEWK ITDTVSQLLG IKKWKDGNSL SL IVNHKAK CGGLRFQSSE LGERFVSKIS ETLVTPKGLK RGVLLIDRFR IFIIPWSSGF SAASFGTNTA ENIKLSLSLN KLI QLELGL SFPTKSTDNA KNDKKKTSKK VHKDRSKKSK PRANKLTI

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SLT11

+
分子 #14: Pre-mRNA-splicing factor CWC2

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.486562 KDa
配列文字列: MTSWRDKSAK VQVKESELPS SIPAQTGLTF NIWYNKWSQG FAGNTRFVSP FALQPQLHSG KTRGDNDGQL FFCLFFAKGM CCLGPKCEY LHHIPDEEDI GKLALRTEVL DCFGREKFAD YREDMGGIGS FRKKNKTLYV GGIDGALNSK HLKPAQIESR I RFVFSRLG ...文字列:
MTSWRDKSAK VQVKESELPS SIPAQTGLTF NIWYNKWSQG FAGNTRFVSP FALQPQLHSG KTRGDNDGQL FFCLFFAKGM CCLGPKCEY LHHIPDEEDI GKLALRTEVL DCFGREKFAD YREDMGGIGS FRKKNKTLYV GGIDGALNSK HLKPAQIESR I RFVFSRLG DIDRIRYVES KNCGFVKFKY QANAEFAKEA MSNQTLLLPS DKEWDDRREG TGLLVKWANE DPDPAAQKRL QE ELKLESL NMMVHLINNN TNSAGTEVNN KNNERLDRTF PEASVDNVKK RLLPLDNGME SDDFIEKLKK VKKNISRENI SSK PSVGKL GGPLLDYLSS DED

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor CWC2

+
分子 #15: Pre-mRNA-splicing factor PRP46

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 50.771289 KDa
配列文字列: MDGNDHKVEN LGDVDKFYSR IRWNNQFSYM ATLPPHLQSE MEGQKSLLMR YDTYRKESSS FSGEGKKVTL QHVPTDFSEA SQAVISKKD HDTHASAFVN KIFQPEVAEE LIVNRYEKLL SQRPEWHAPW KLSRVINGHL GWVRCVAIDP VDNEWFITGS N DTTMKVWD ...文字列:
MDGNDHKVEN LGDVDKFYSR IRWNNQFSYM ATLPPHLQSE MEGQKSLLMR YDTYRKESSS FSGEGKKVTL QHVPTDFSEA SQAVISKKD HDTHASAFVN KIFQPEVAEE LIVNRYEKLL SQRPEWHAPW KLSRVINGHL GWVRCVAIDP VDNEWFITGS N DTTMKVWD LATGKLKTTL AGHVMTVRDV AVSDRHPYLF SVSEDKTVKC WDLEKNQIIR DYYGHLSGVR TVSIHPTLDL IA TAGRDSV IKLWDMRTRI PVITLVGHKG PINQVQCTPV DPQVVSSSTD ATVRLWDVVA GKTMKVLTHH KRSVRATALH PKE FSVASA CTDDIRSWGL AEGSLLTNFE SEKTGIINTL SINQDDVLFA GGDNGVLSFY DYKSGHKYQS LATREMVGSL EGER SVLCS TFDKTGLRLI TGEADKSIKI WKQDETATKE SEPGLAWNPN LSAKRF

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor PRP46

+
分子 #16: Pre-mRNA-splicing factor CWC15

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.975195 KDa
配列文字列:
MTTSHRPQLE ARSGAKAAAY TPTGIEHARL LPGHTTLKYR KFKEEENLRA NCAQEDRSND KSLEEAVMNE EKQDVVGSGN LQETRSEKD QKDSLQELLV TQKNKVEDKA ELEGNEQLKG GNSSRRSWRK GTAFGRHKVT KETNIKEHAT KKSASGYIND M TKSEYHQE FLHKHVR

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor CWC15

+
分子 #17: Pre-mRNA-processing protein 45

分子名称: Pre-mRNA-processing protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 42.548727 KDa
配列文字列: MFSNRLPPPK HSQGRVSTAL SSDRVEPAIL TDQIAKNVKL DDFIPKRQSN FELSVPLPTK AEIQECTART KSYIQRLVNA KLANSNNRA SSRYVTETHQ APANLLLNNS HHIEVVSKQM DPLLPRFVGK KARKVVAPTE NDEVVPVLHM DGSNDRGEAD P NEWKIPAA ...文字列:
MFSNRLPPPK HSQGRVSTAL SSDRVEPAIL TDQIAKNVKL DDFIPKRQSN FELSVPLPTK AEIQECTART KSYIQRLVNA KLANSNNRA SSRYVTETHQ APANLLLNNS HHIEVVSKQM DPLLPRFVGK KARKVVAPTE NDEVVPVLHM DGSNDRGEAD P NEWKIPAA VSNWKNPNGY TVALERRVGK ALDNENNTIN DGFMKLSEAL ENADKKARQE IRSKMELKRL AMEQEMLAKE SK LKELSQR ARYHNGTPQT GAIVKPKKQT STVARLKELA YSQGRDVSEK IILGAAKRSE QPDLQYDSRF FTRGANASAK RHE DQVYDN PLFVQQDIES IYKTNYEKLD EAVNVKSEGA SGSHGPIQFT KAESDDKSDN YGA

UniProtKB: Pre-mRNA-processing protein 45

+
分子 #18: Protein CWC16

分子名称: Protein CWC16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.371086 KDa
配列文字列: MSERKAINKY YPPDYNPLEA EKLSRKMAKK LKTMNKSHAS IRLMTPFSMR CLECNEYIPK SRKFNGKKEL LKEKYLDSIK IYRLTISCP RCANSIAFRT DPGNSDYVME VGGVRNYVPQ KPNDDLNAKT AVESIDETLQ RLVREKEMEQ NEKMGIKEQA D DKMDLLEK ...文字列:
MSERKAINKY YPPDYNPLEA EKLSRKMAKK LKTMNKSHAS IRLMTPFSMR CLECNEYIPK SRKFNGKKEL LKEKYLDSIK IYRLTISCP RCANSIAFRT DPGNSDYVME VGGVRNYVPQ KPNDDLNAKT AVESIDETLQ RLVREKEMEQ NEKMGIKEQA D DKMDLLEK RLAKIQQEQE DDEELENLRK KNLEMSQRAE MINRSKHAQQ EKAVTTDDLD NLVDQVFDNH RQRTNKPGNN ND EKRTPLF NPTSTKGKIQ KKSSVRTNPL GIVIKRGKSL K

UniProtKB: Splicing factor YJU2

+
分子 #19: Pre-mRNA-processing factor 17

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.128762 KDa
配列文字列: MGLVDGYDTS SDSDLNFDEG KSVHEKKNGN LHEDTSYEPS SNNIHKRKSH FTKSELKRRR KTRKGDGPWG SWSSSDDETS QASETQKED QDIFVHALAE DNLDSEQIEV EEVSHFYGKS EKDYQGRGYL YPPNDVDVDL REERISFRCY LPKKVIRNYP G HPEGTTAL ...文字列:
MGLVDGYDTS SDSDLNFDEG KSVHEKKNGN LHEDTSYEPS SNNIHKRKSH FTKSELKRRR KTRKGDGPWG SWSSSDDETS QASETQKED QDIFVHALAE DNLDSEQIEV EEVSHFYGKS EKDYQGRGYL YPPNDVDVDL REERISFRCY LPKKVIRNYP G HPEGTTAL KFLPKTGHLI LSGGNDHTIK IWDFYHDYEC LRDFQGHNKP IKALRFTEDC QSFLSSSFDR SVKIWDTETG KV KTRLHLN STPADVESRP TNPHEFIVGL SNSKILHYDD RVSENQGLVQ TYDHHLSSIL ALKYFPDGSK FISSSEDKTV RIW ENQINV PIKQISDTAQ HSMPFLNVHP SQNYFCAQSM DNRIYSFSLK PKYKRHPKKI FKGHSSAGYG ISLAFSGDGR YICS GDSKS RLFTWDWNTS RLLNNIKIPG NKPITQVDWH PQETSKVICS GAAGKIYVCD

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 17

+
分子 #20: Pre-mRNA-splicing factor CWC23

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CWC23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 33.280355 KDa
配列文字列: MPGHELEDVI NQRLNLYDVL ELPTPLDVHT IYDDLPQIKR KYRTLALKYH PDKHPDNPSI IHKFHLLSTA TNILTNADVR PHYDRWLIE FLRKTNDIER NKLIQKLEES ESSTIPTTTP HPDLLQIQRH GELLRKLKHF NLPYGDWKHL NTQDQENASQ H PYYDCSTL ...文字列:
MPGHELEDVI NQRLNLYDVL ELPTPLDVHT IYDDLPQIKR KYRTLALKYH PDKHPDNPSI IHKFHLLSTA TNILTNADVR PHYDRWLIE FLRKTNDIER NKLIQKLEES ESSTIPTTTP HPDLLQIQRH GELLRKLKHF NLPYGDWKHL NTQDQENASQ H PYYDCSTL RIVLDNFLQS NNKSNCLSHL RNQVFITLSA NEIYDIYFSE RNNYSKDDSI IIYTVFDTPI TAQHVFRNWS SG NLIPTVK DISPLIPLHY YSDFNLETEL NDDIARLVSN EPILLD

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor CWC23

+
分子 #21: Pre-mRNA-splicing factor SPP382

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SPP382 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 83.155453 KDa
配列文字列: MEDSDSNTDK KFFFKKRRID SYNYSDEEDN NSSMNSDMTY TNDALKTSSG NAPTISKLTK TYGIGAKLLS SMGYVAGKGL GKDGSGITT PIETQSRPMH NAGLGMFSNT NSSNYHSENE DYLSSEDEVV EGIEQVKFNK TSTEVLGEAL LNDSGDMTIV R TLRELRLA ...文字列:
MEDSDSNTDK KFFFKKRRID SYNYSDEEDN NSSMNSDMTY TNDALKTSSG NAPTISKLTK TYGIGAKLLS SMGYVAGKGL GKDGSGITT PIETQSRPMH NAGLGMFSNT NSSNYHSENE DYLSSEDEVV EGIEQVKFNK TSTEVLGEAL LNDSGDMTIV R TLRELRLA GVQLPESILK ELDPLNAVPK PKKDVVVEIL QELLGIEKSL EAIRQRTSPL EVQVKEYYGQ ERLLSELEVT LR DESKHVS LYDKIGAILK LSDDELIDRL TSCLLRKELL IEFDLDHLEK PNDILDELTQ IIELLAYRMD TTSKFLNRTQ TTI FKVIYP KLKKFWEGFD MTKSKIDSAI TLLLDFQQVL SFIGCKEHIM EEFVYPKLLQ ELDNWELHDE VDHVSPRIWV LDFM VLIDD KIKDTIVDKI EAKFFAYCKN WYHRESFCIT NSDIIFIKEL ICERRYYKIL CKEFLPKFLD ELWERHNDPI YELED WKEK QEWKEKDSGF FYFMKKLRSY THYFHPKQYE LMMRGTFNNI NKILYQWHLY STVEDLHKSK WWLNWLMNTV FEHSLP TEI ELSEIRKSYN IFAMSHRYHL DKSTLDEDFD LRQGLRNLME TQVIDDISQS EQEPTYTVQN IPLGKVSSSF KDVVEDY CL EKGYLISKIP NRYTQLPYGR DQDCIVPLFE IRNGKKKMEV ALKHDILWVE DSSGTFKPIY LWALDL

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SPP382

+
分子 #22: Pre-mRNA-splicing factor NTR2

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor NTR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 36.705395 KDa
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MAIKKRNKIR LPSGSPEEVG IDGSAHKPMQ QIKPLVSNDS EDDDNDICVL QPIKFKKVPK RDITFDGEQA IKEDNSHYED LYHSKKNTN ASTRNKDDLL ILNMEDLMEG NHHLLSDSSE AGSSSEGEHI SSIPTRGEIA KLKAQKSLSR RKISESDVTT E RDYVKLLD SEDKREIMET IRLNGGLKRN NEKEITNFSD DEMQGFQDEM LALTDNQIAI QKDSKRKIIE KAINEVPYRT NE EWETQLL SKGNINKSNE KIITPLPVLF PDDDESGNSI ERINEMVSKI CLQRKKVEMR LQALEKTKID LEKSKASLIN KLI GN

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor NTR2

+
分子 #23: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 87.68275 KDa
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MGSKRRFSSE HPDPVETSIP EQAAEIAEEL SKQHPLPSEE PLVHHDAGEF KGLQRHHTSA EEAQKLEDGK INPFTGREFT PKYVDILKI RRELPVHAQR DEFLKLYQNN QIMVFVGETG SGKTTQIPQF VLFDEMPHLE NTQVACTQPR RVAAMSVAQR V AEEMDVKL GEEVGYSIRF ENKTSNKTIL KYMTDGMLLR EAMEDHDLSR YSCIILDEAH ERTLATDILM GLLKQVVKRR PD LKIIIMS ATLDAEKFQR YFNDAPLLAV PGRTYPVELY YTPEFQRDYL DSAIRTVLQI HATEEAGDIL LFLTGEDEIE DAV RKISLE GDQLVREEGC GPLSVYPLYG SLPPHQQQRI FEPAPESHNG RPGRKVVIST NIAETSLTID GIVYVVDPGF SKQK VYNPR IRVESLLVSP ISKASAQQRA GRAGRTRPGK CFRLYTEEAF QKELIEQSYP EILRSNLSST VLELKKLGID DLVHF DFMD PPAPETMMRA LEELNYLACL DDEGNLTPLG RLASQFPLDP MLAVMLIGSF EFQCSQEILT IVAMLSVPNV FIRPTK DKK RADDAKNIFA HPDGDHITLL NVYHAFKSDE AYEYGIHKWC RDHYLNYRSL SAADNIRSQL ERLMNRYNLE LNTTDYE SP KYFDNIRKAL ASGFFMQVAK KRSGAKGYIT VKDNQDVLIH PSTVLGHDAE WVIYNEFVLT SKNYIRTVTS VRPEWLIE I APAYYDLSNF QKGDVKLSLE RIKEKVDRLN ELKQGKNKKK SKHSKK

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

+
分子 #24: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.42699 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN IGANRSRFNN EAPPQTRKFQ PPPGFKRK

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

+
分子 #25: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.385098 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFNF LQQQTPVTIW LFEQIGIRIK GKIVGFDEFM NVVIDEAVEI PVNSADGKED VEKGTPLGKI LLKGDNITL ITSAD

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

+
分子 #26: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.669945 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFLK GLVNHRVGVK LKFNSTEYRG TLVSTDNYFN LQLNEAEEFV AGVSHGTLGE IFIRCNNVLY IRELPN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein F

+
分子 #27: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.490809 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNIN GSRKVAGILR GYDIFLNVVL DDAMEINGED PANNHQLGLQ TVIRGNSIIS LEALDAI

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

+
分子 #28: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.240139 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIVS LELTTGATYR GKLVESEDSM NVQLRDVIAT EPQGAVTHMD QIFVRGSQIK FIVVPDLLKN APLFKKNSS RPMPPIRGPK RR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

+
分子 #29: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.296798 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIELK NGTTVWGTLQ SVSPQMNAIL TDVKLTLPQP RLNKLNSNGI AMASLYLTGG QQPTASDNIA SLQYINIRG NTIRQIILPD SLNLDSLLVD QKQLNSLRRS GQIANDPSKK RRRDFGAPAN KRPRRGL

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #30: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.876066 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELEE LEEFEFKHGP MSLINDAMVT RTPVIISLRN NHKIIARVKA FDRHCNMVLE NVKELWTEKK GKNVINRER FISKLFLRGD SVIVVLKTPV E

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #31: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.232252 KDa
配列文字列: MKFTPSIVID APQYYVDHFN GKYNVDKCVI LRDLQLETDS ESMPSSLKHL TKPTHILDLT NNDLIMIPDL SRRDDIHTLL LGRNNIVEV DGRLLPMNVQ NLTLSNNSIR RFEDLQRLRR APRTLKNLTL IGNQVCHLAN YREHVLRLVP HLETLDFQNV T AEERKSAM ...文字列:
MKFTPSIVID APQYYVDHFN GKYNVDKCVI LRDLQLETDS ESMPSSLKHL TKPTHILDLT NNDLIMIPDL SRRDDIHTLL LGRNNIVEV DGRLLPMNVQ NLTLSNNSIR RFEDLQRLRR APRTLKNLTL IGNQVCHLAN YREHVLRLVP HLETLDFQNV T AEERKSAM SFPRQADGDT LGPVNTAIRD NGSRDKTMEI MNLVVSKMTV ERRNELKKQL AEATSLEEIA RLEKLLSGGV

UniProtKB: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

+
分子 #32: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.850944 KDa
配列文字列:
MVEPARKKQR IDRDTHHTVA EPVTEAKNTL YVSQLNEKIN MQRLRVNLFL LFATFGEVLK VSMNFKKQRG QAFITMRTID QASLAQISL NGERFFGKPL KVEFSKSETK TL

UniProtKB: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

+
分子 #33: Pre-mRNA-processing factor 19

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 56.629777 KDa
配列文字列: MLCAISGKVP RRPVLSPKSR TIFEKSLLEQ YVKDTGNDPI TNEPLSIEEI VEIVPSAQQA SLTESTNSAT LKANYSIPNL LTSLQNEWD AIMLENFKLR STLDSLTKKL STVMYERDAA KLVAAQLLME KNEDSKDLPK SSQQAVAITR EEFLQGLLQS S RDFVARGK ...文字列:
MLCAISGKVP RRPVLSPKSR TIFEKSLLEQ YVKDTGNDPI TNEPLSIEEI VEIVPSAQQA SLTESTNSAT LKANYSIPNL LTSLQNEWD AIMLENFKLR STLDSLTKKL STVMYERDAA KLVAAQLLME KNEDSKDLPK SSQQAVAITR EEFLQGLLQS S RDFVARGK LKAPKWPILK NLELLQAQNY SRNIKTFPYK ELNKSMYYDK WVCMCRCEDG ALHFTQLKDS KTITTITTPN PR TGGEHPA IISRGPCNRL LLLYPGNQIT ILDSKTNKVL REIEVDSANE IIYMYGHNEV NTEYFIWADN RGTIGFQSYE DDS QYIVHS AKSDVEYSSG VLHKDSLLLA LYSPDGILDV YNLSSPDQAS SRFPVDEEAK IKEVKFADNG YWMVVECDQT VVCF DLRKD VGTLAYPTYT IPEFKTGTVT YDIDDSGKNM IAYSNESNSL TIYKFDKKTK NWTKDEESAL CLQSDTADFT DMDVV CGDG GIAAILKTND SFNIVALTP

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 19

+
分子 #2: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 68.643344 KDa
配列文字列: AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUU CUUGCCUUUU ACCAGAACCA UCCGGGUGUU GUCUCCAUAG AAACAGGUAA AGCUGUCCGU UACUGUGGGC U UGCCAUAU ...文字列:
AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUU CUUGCCUUUU ACCAGAACCA UCCGGGUGUU GUCUCCAUAG AAACAGGUAA AGCUGUCCGU UACUGUGGGC U UGCCAUAU UUUUUGGAAC UUUUCUGCCC UUUUUCUCAA UGAGUAAGGA GGGCGU

+
分子 #4: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 35.883176 KDa
配列文字列:
GUUCGCGAAG UAACCCUUCG UGGACAUUUG GUCAAUUUGA AACAAUACAG AGAUGAUCAG CAGUUCCCCU GCAUAAGGAU GAACCGUUU UACAAAGAGA UUUAUUUCGU UUU

GENBANK: GENBANK: CP007992.1

+
分子 #5: Intron lariat

分子名称: Intron lariat / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.810159 KDa
配列文字列:
GUAUGUAUUU AUUUU(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)UAGAU ACUAACAC

+
分子 #6: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 376.267406 KDa
配列文字列: ACGAAUCUCU UUGCCUUUUG GCUUAGAUCA AGUGUAGUAU CUGUUCUUUU CAGUGUAACA ACUGAAAUGA CCUCAAUGAG GCUCAUUAC CUUUUAAUUU GUUACAAUAC ACAUUUUUUG GCACCCAAAA UAAUAAAAUG GACGGGAAGA GACUUUUUAA G CAAGUUGU ...文字列:
ACGAAUCUCU UUGCCUUUUG GCUUAGAUCA AGUGUAGUAU CUGUUCUUUU CAGUGUAACA ACUGAAAUGA CCUCAAUGAG GCUCAUUAC CUUUUAAUUU GUUACAAUAC ACAUUUUUUG GCACCCAAAA UAAUAAAAUG GACGGGAAGA GACUUUUUAA G CAAGUUGU UUUCCGCUAA UGUCAGGUCU CACUACUUUU UGCUGCUAUU UUUCUUCGCU CAUGGUUUCU UCAUAAGGCG UU UUUAUGA UGGUUUUUCG AAAUUGGUUU UUGAGACGAC GGUUGCUCAA GGUUAUUGUU UUUGUUUUCU UCUGGUUGUU UUC UAUUUU CUUUUUUUUA GCUUUCUGUU UCUCCCUUAG UUUGGCUUUU UGCUUCAUAC UCUUCCCUGU CUUUCCGAGC CGUU UAUGU CCAACGCGGG AUUUGGUUUU UCUUUAUCGA UGGGAAGAAA UGGUGCUAUA GUAGGUUGGG AGAUAAUAUU UAUGG UAUG GGGUGCUAGU GCGGAUGGGG CGCUCUUAUU GUUGAUUUCU UCGCUCGUCU UCUUUUUCUG GUGGCGCUGC AAGAGG AAG UUUUUCGACU UUGUUAUGAU UUUUGGUUUG CAAGGAAAGG UGUCUUACGA UUCUUUUUUU GAUGUAAUAG GAUAAGC UU GCUUAUCCCC CAAGUAUCGG CCAAAGUUGU UGAUUUUCCU UUUGAAGUGU CCUCGGUUUG AGGGGGUGUA GGGUGGGG U UGGUCUACAA UAAGAGUGUU CCAUUGUUAA CGUGCUGGCG UCUUUUACUA UAUUUUUUUU CCCAGUUUAU UUUGUGCUU AUUUUCUCAU UGAGGAGAAG GAGCUCUUCU CGCAGGAUAU AAAUGGAGGU UUGCUAAAGG GGAGGAGAUG UGUUUGUGAG AAUACUGCU GAGAGAGUUC UGGAAGAGAA AAAAAGGAGG CAAUGGAAGG CGUUUGCUGG GAAAAGAGAA GAGCCAUGAC U GCAUCUGU UGUUUCAAGG CCAGUUUUAU UAACCGCCUA UGUCAUAGAG GCGUUUUUUU UGGAGGGAUU UGAAGAAUGC CG GCGGCAU CAAGAAACGG ACUUGAUGGU UGACGCCUGU UUUUAAAGUU AGAGACGUCG CGACCCUCGC ACUUGUGGAG UCG UUCUUG ACUUUUACUU UGGUCGCUUG AUGUUUCUCU CGUCUUCCCG UUCGCUCUU

+
分子 #34: RNA (intron or U6 snRNA)

分子名称: RNA (intron or U6 snRNA) / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 2.710535 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUU

+
分子 #35: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸

+
分子 #36: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #38: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 37.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9525

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 150363
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る