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- EMDB-6724: Cryo-EM structure of human ABCA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6724
タイトルCryo-EM structure of human ABCA1
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Membrane protein膜タンパク質
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family A member 1
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
  • リガンド: BETA-D-MANNOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


signal release / sphingolipid floppase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / apolipoprotein A-I receptor activity / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / Defective ABCA1 causes TGD / response to vitamin B3 / apolipoprotein A-I binding / platelet dense granule organization / intracellular cholesterol transport ...signal release / sphingolipid floppase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / apolipoprotein A-I receptor activity / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / Defective ABCA1 causes TGD / response to vitamin B3 / apolipoprotein A-I binding / platelet dense granule organization / intracellular cholesterol transport / protein transmembrane transport / phospholipid transporter activity / high-density lipoprotein particle binding / response to laminar fluid shear stress / floppase activity / HDL assembly / phosphatidylserine floppase activity / cellular response to cholesterol / peptide secretion / phosphatidylcholine floppase activity / phospholipid homeostasis / phosphatidylcholine binding / phospholipid efflux / export across plasma membrane / cholesterol transfer activity / reverse cholesterol transport / high-density lipoprotein particle assembly / lipoprotein biosynthetic process / P-type phospholipid transporter / regulation of Cdc42 protein signal transduction / phospholipid translocation / syntaxin binding / cholesterol efflux / endosomal transport / cholesterol binding / phagocytosis, engulfment / lysosome organization / intracellular vesicle / negative regulation of cholesterol storage / cellular response to cytokine stimulus / apolipoprotein binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / endocytic vesicle / positive regulation of cholesterol efflux / ABC-type transporter activity / cellular response to retinoic acid / phagocytic vesicle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / PPARA activates gene expression / small GTPase binding / cellular response to xenobiotic stimulus / ATPase binding / basolateral plasma membrane / cellular response to lipopolysaccharide / エンドソーム / 脂質ラフト / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC-2 family transporter protein / ABC transporter A / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase ABCA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Qian HW / Yan N / Gong X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
the Ministry of Science and Technology of China2015CB910101, 2016YFA0500402, 2014ZX09507003-006 and 2016YFA0501100 中国
the National Natural Science Foundation of China31621092, 31630017, and 31611130036 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of the Human Lipid Exporter ABCA1.
著者: Hongwu Qian / Xin Zhao / Pingping Cao / Jianlin Lei / Nieng Yan / Xin Gong /
要旨: ABCA1, an ATP-binding cassette (ABC) subfamily A exporter, mediates the cellular efflux of phospholipids and cholesterol to the extracellular acceptor apolipoprotein A-I (apoA-I) for generation of ...ABCA1, an ATP-binding cassette (ABC) subfamily A exporter, mediates the cellular efflux of phospholipids and cholesterol to the extracellular acceptor apolipoprotein A-I (apoA-I) for generation of nascent high-density lipoprotein (HDL). Mutations of human ABCA1 are associated with Tangier disease and familial HDL deficiency. Here, we report the cryo-EM structure of human ABCA1 with nominal resolutions of 4.1 Å for the overall structure and 3.9 Å for the massive extracellular domain. The nucleotide-binding domains (NBDs) display a nucleotide-free state, while the two transmembrane domains (TMDs) contact each other through a narrow interface in the intracellular leaflet of the membrane. In addition to TMDs and NBDs, two extracellular domains of ABCA1 enclose an elongated hydrophobic tunnel. Structural mapping of dozens of disease-related mutations allows potential interpretation of their diverse pathogenic mechanisms. Structural-based analysis suggests a plausible "lateral access" mechanism for ABCA1-mediated lipid export that may be distinct from the conventional alternating-access paradigm.
履歴
登録2017年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月7日-
マップ公開2017年6月7日-
更新2019年10月9日-
現状2019年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xjy
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7roq
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6724.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.35362256 - 0.48452526
平均 (標準偏差)0.00023639337 (±0.011452604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 261.308 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.306541.306541.30654
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.308261.308261.308
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.3540.4850.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_6724_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Membrane protein

全体名称: Membrane protein膜タンパク質
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Membrane protein膜タンパク質
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family A member 1
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
  • リガンド: BETA-D-MANNOSE

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超分子 #1: Membrane protein

超分子名称: Membrane protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family A member 1

分子名称: ATP-binding cassette sub-family A member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 259.512984 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMACWPQLRL LLWKNLTFRR RQTCQLLLEV AWPLFIFLIL ISVRLSYPPY EQHECHFPNK AMPSAGTLP WVQGIICNAN NPCFRYPTPG EAPGVVGNFN KSIVARLFSD ARRLLLYSQK DTSMKDMRKV LRTLQQIKKS S SNLKLQDF ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMACWPQLRL LLWKNLTFRR RQTCQLLLEV AWPLFIFLIL ISVRLSYPPY EQHECHFPNK AMPSAGTLP WVQGIICNAN NPCFRYPTPG EAPGVVGNFN KSIVARLFSD ARRLLLYSQK DTSMKDMRKV LRTLQQIKKS S SNLKLQDF LVDNETFSGF LYHNLSLPKS TVDKMLRADV ILHKVFLQGY QLHLTSLCNG SKSEEMIQLG DQEVSELCGL PR EKLAAAE RVLRSNMDIL KPILRTLNST SPFPSKELAE ATKTLLHSLG TLAQELFSMR SWSDMRQEVM FLTNVNSSSS STQ IYQAVS RIVCGHPEGG GLKIKSLNWY EDNNYKALFG GNGTEEDAET FYDNSTTPYC NDLMKNLESS PLSRIIWKAL KPLL VGKIL YTPDTPATRQ VMAEVNKTFQ ELAVFHDLEG MWEELSPKIW TFMENSQEMD LVRMLLDSRD NDHFWEQQLD GLDWT AQDI VAFLAKHPED VQSSNGSVYT WREAFNETNQ AIRTISRFME CVNLNKLEPI ATEVWLINKS MELLDERKFW AGIVFT GIT PGSIELPHHV KYKIRMDIDN VERTNKIKDG YWDPGPRADP FEDMRYVWGG FAYLQDVVEQ AIIRVLTGTE KKTGVYM QQ MPYPCYVDDI FLRVMSRSMP LFMTLAWIYS VAVIIKGIVY EKEARLKETM RIMGLDNSIL WFSWFISSLI PLLVSAGL L VVILKLGNLL PYSDPSVVFV FLSVFAVVTI LQCFLISTLF SRANLAAACG GIIYFTLYLP YVLCVAWQDY VGFTLKIFA SLLSPVAFGF GCEYFALFEE QGIGVQWDNL FESPVEEDGF NLTTSVSMML FDTFLYGVMT WYIEAVFPGQ YGIPRPWYFP CTKSYWFGE ESDEKSHPGS NQKRISEICM EEEPTHLKLG VSIQNLVKVY RDGMKVAVDG LALNFYEGQI TSFLGHNGAG K TTTMSILT GLFPPTSGTA YILGKDIRSE MSTIRQNLGV CPQHNVLFDM LTVEEHIWFY ARLKGLSEKH VKAEMEQMAL DV GLPSSKL KSKTSQLSGG MQRKLSVALA FVGGSKVVIL DEPTAGVDPY SRRGIWELLL KYRQGRTIIL STHHMDEADV LGD RIAIIS HGKLCCVGSS LFLKNQLGTG YYLTLVKKDV ESSLSSCRNS SSTVSYLKKE DSVSQSSSDA GLGSDHESDT LTID VSAIS NLIRKHVSEA RLVEDIGHEL TYVLPYEAAK EGAFVELFHE IDDRLSDLGI SSYGISETTL EEIFLKVAEE SGVDA ETSD GTLPARRNRR AFGDKQSCLR PFTEDDAADP NDSDIDPESR ETDLLSGMDG KGSYQVKGWK LTQQQFVALL WKRLLI ARR SRKGFFAQIV LPAVFVCIAL VFSLIVPPFG KYPSLELQPW MYNEQYTFVS NDAPEDTGTL ELLNALTKDP GFGTRCM EG NPIPDTPCQA GEEEWTTAPV PQTIMDLFQN GNWTMQNPSP ACQCSSDKIK KMLPVCPPGA GGLPPPQRKQ NTADILQD L TGRNISDYLV KTYVQIIAKS LKNKIWVNEF RYGGFSLGVS NTQALPPSQE VNDAIKQMKK HLKLAKDSSA DRFLNSLGR FMTGLDTKNN VKVWFNNKGW HAISSFLNVI NNAILRANLQ KGENPSHYGI TAFNHPLNLT KQQLSEVALM TTSVDVLVSI CVIFAMSFV PASFVVFLIQ ERVSKAKHLQ FISGVKPVIY WLSNFVWDMC NYVVPATLVI IIFICFQQKS YVSSTNLPVL A LLLLLYGW SITPLMYPAS FVFKIPSTAY VVLTSVNLFI GINGSVATFV LELFTDNKLN NINDILKSVF LIFPHFCLGR GL IDMVKNQ AMADALERFG ENRFVSPLSW DLVGRNLFAM AVEGVVFFLI TVLIQYRFFI RPRPVNAKLS PLNDEDEDVR RER QRILDG GGQNDILEIK ELTKIYRRKR KPAVDRICVG IPPGECFGLL GVNGAGKSST FKMLTGDTTV TRGDAFLNKN SILS NIHEV HQNMGYCPQF DAITELLTGR EHVEFFALLR GVPEKEVGKV GEWAIRKLGL VKYGEKYAGN YSGGNKRKLS TAMAL IGGP PVVFLDEPTT GMDPKARRFL WNCALSVVKE GRSVVLTSHS MEECEALCTR MAIMVNGRFR CLGSVQHLKN RFGDGY TIV VRIAGSNPDL KPVQDFFGLA FPGSVLKEKH RNMLQYQLPS SLSSLARIFS ILSQSKKRLH IEDYSVSQTT LDQVFVN FA KDQSDDDHLK DLSLHKNQTV VDVAVLTSFL QDEKVKESYV LEGSDEVDAV EGSHHHHHHH HHH

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分子 #2: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

分子名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da

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分子 #3: BETA-D-MANNOSE

分子名称: BETA-D-MANNOSE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 790156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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