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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6617 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2A resolution | |||||||||
マップデータ | A cryo-EM map of a membrane protein complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / spinach photosystem II / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast photosystem II / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / : / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II ...chloroplast photosystem II / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / : / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / : / ion binding / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / phosphoprotein binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wei XP / Zhang XZ / Su XD / Cao P / Liu XY / Li M / Chang WR / Liu ZF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structure of spinach photosystem II-LHCII supercomplex at 3.2 Å resolution. 著者: Xuepeng Wei / Xiaodong Su / Peng Cao / Xiuying Liu / Wenrui Chang / Mei Li / Xinzheng Zhang / Zhenfeng Liu / 要旨: During photosynthesis, the plant photosystem II core complex receives excitation energy from the peripheral light-harvesting complex II (LHCII). The pathways along which excitation energy is ...During photosynthesis, the plant photosystem II core complex receives excitation energy from the peripheral light-harvesting complex II (LHCII). The pathways along which excitation energy is transferred between them, and their assembly mechanisms, remain to be deciphered through high-resolution structural studies. Here we report the structure of a 1.1-megadalton spinach photosystem II-LHCII supercomplex solved at 3.2 Å resolution through single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a homodimeric supramolecular system in which each monomer contains 25 protein subunits, 105 chlorophylls, 28 carotenoids and other cofactors. Three extrinsic subunits (PsbO, PsbP and PsbQ), which are essential for optimal oxygen-evolving activity of photosystem II, form a triangular crown that shields the Mn4CaO5-binding domains of CP43 and D1. One major trimeric and two minor monomeric LHCIIs associate with each core-complex monomer, and the antenna-core interactions are reinforced by three small intrinsic subunits (PsbW, PsbH and PsbZ). By analysing the closely connected interfacial chlorophylls, we have obtained detailed insights into the energy-transfer pathways between the antenna and core complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6617.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6617-v30.xml emd-6617.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6617.gif 80_6617.gif | 60.6 KB 13.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6617 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6617_validation.pdf.gz | 307.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6617_full_validation.pdf.gz | 307.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6617_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6617 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A cryo-EM map of a membrane protein complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Spinach PSII-LHCII supercomplex
全体 | 名称: Spinach PSII-LHCII supercomplex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Spinach PSII-LHCII supercomplex
超分子 | 名称: Spinach PSII-LHCII supercomplex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homodimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.1 MDa / 理論値: 1.1 MDa |
-分子 #1: Photosystem II (or water-plastoquinone oxidoreductase) in complex...
分子 | 名称: Photosystem II (or water-plastoquinone oxidoreductase) in complex with Light harvesting complex II タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年11月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 1774 / 平均電子線量: 50 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, RELION / 使用した粒子像数: 109042 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Coot |
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-3jcu: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Phenix |
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-3jcu: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Phenix |
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-3jcu: |